Практиум 10
1. Выбор семейства доменов из Pfam для анализа
- AC: PF08955
- ID: BofC_C
- Name: BofC C-terminal domain
- Seed: 24
- Full: 452
- Number of architectures: 4
Немного о 3D структуре. Данный домен имеет 1 структуру, в которой можно найти 2 бетта-листа и 3 альфа-спирали, так же, с помощью AlfaFold я смогла найти в структуре т-стеккинг.
О функциях этого белка сказанно очень мало. Он играет ключевую роль в одной из контрольных точек, которые контролируют транскрипционный фактор сигма-К во время спороношения.
Две самые большие архитектуры: L0EG14_THECK и C5D5F0_GEOSW. К первой относится 251 последоватльность, а ко второй 173.
2. Выравнивание гомологичных белков.
При работе с Jalview я использовала окраску Above identity threshold 100,90 и 10%.
Общее выравнивание файл.
1) При окраске 100% выделялись 26,61 и 64 абсолютно консервативные позиции файл100%.
2) При окраске 90% - 2,8 и 65 позици (26,61,64 так же окрашены). Здесь макисмально консервативные блоки выражены лишь одиночными позициями, это свидетельствует о не очень хорошей гомологии белков данного домена файл90%.
3) При окраске 50% окрасилось много позиций файл50%.
4) Я искала максимально неконсервативные блоки, и их оказалось много: 29-36 52-60 65-75 78-82 , так же не совпадают старт-кодоны.
5) Максимально достоверный блок находится на позициях 2-8 для всех последовательностей кроме последних двух файл.