Практиум 8

1. Выбор протеома.

Для изучаемой мной бактрении Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) нашелся только 1 протеом, референсный и 100% чистый по BUSCO.

Proteomes · Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720).

Статус: Reference proteome.

Поиск: (organism_id:99287).

Протеом ID: UP000001014.

Количество протеомов: 4,533.

Изученность по Swiss-Prot: 1,818.

CPD: Standard.

BUSCO: C:100% (S:99.8% D:0.2%) F:0% M:0%.

Для контрольной группы я хотела взять родственный огранизм (относится к роду Salmonella), но они все оказались потагенными, и только у одного родственного организма (organism_id:59203) я нашла референсный белок, но его чистота по BUSKO C:76.6% (S:76.4% D:0.2%) F:14.1% M:9.3% оставляет желать лучшего, поэтому я решила взять протеом из Escherichia coli (strain K12)

Proteomes · Escherichia coli (strain K12).

Статус: Reference proteome.

Поиск: NOT (organism_id:99287).

Протеом ID: UP000000625.

Количество протеомов: 4,403.

Изученность по Swiss-Prot: 4,401.

CPD: Standard.

BUSCO: C:100% (S:99.3% D:0.7%) F:0% M:0%.

Скачивание протеома.

Для скачивание протеома в формате .gz я использовала в bash следующие команды:

• wget 'https://rest.uniprot.org/uniprotkb/stream?compressed=true&format=txt&query=UP000001014' -O UP000001014.swiss.gz
• wget 'https://rest.uniprot.org/uniprotkb/stream?compressed=true&format=txt&query=UP000000625' -O UP000000625.swiss.gz

2. "Функциональные группы".

1) Трансмембранные белки.

Поиск (E.coli): (proteome:UP000000625) AND (ft_transmem:*).

Итог: 955 ( Проверенные по Swiss-Prot: 955).

Поиск (Sallmonella): (proteome:UP000001014) AND (ft_transmem:*)

Итог: 969 ( Проверенные по Swiss-Prot: 310, не проверенные по TrEMBL: 659).

2) Фермент.

Поиск (E.coli): (proteome:UP000000625) AND (ec:*).

Итог: 1,699.

Поиск (Sallmonella): (proteome:UP000001014) AND (ec:*).

Итог: 1,395.

3) О-антигены ( Антигенная структура положена в основу современной серологической классификации бактерий рода Salmonella.Соматические О-антигены термоустойчивы и представляют собой липо-полисахариднополипептидные комплексы. О - Антиген используется для серотипирования E. coli.).

Поиск (E.coli): (proteome:UP000000625) AND (protein_name:O-antigen).

Итог: 3.

Поиск (Sallmonella): (proteome:UP000001014) AND (protein_name:O-antigen).

Итог: 6.

2. Сравнение протеома.

Мне стало истересно посмтореть, какие еще аминокислоты кроме метионина выполняют роль старт-кодонов ( задание было выполнено с помощью Python ). Фаста для E.Coli и Sallmonella была взята из Uniprot (Proteomas). Ссылка на фасту. Ссылка на фасту2.