\ pdb

Практиум 9


1. Глобальное парное выравнивание гомологичных белков.


Таблица 1. Характеристики глобального парного выравнивания трёх пар белков.
Название белка ID 1 ID 2 Вес %Индентичность %Схожесть Гэпы Индели Длина
Penicillin-binding protein 1A/1B PBPA_ECOLI PBPA_BACSU 768.5 20.5 32.3 520 29 1142
Aminodeoxychorismate synthase component 2 PABA_ECOLI PABA_BACSU 640 58.2 77.8 7 1 194
3-dehydroquinate dehydratase AROD_ECOLI AROD_BACSU 647 52.9 70.2 3 1 255

* Названия для PABA_BACSU приведено другое, нежели для PABA_ECOLI -


2. Локальное парное выравнивание.


Таблица 2. Характеристики локального парного выравнивания трёх пар белков
Название белка ID 1 ID 2 Вес %Индентичность %Схожесть Гэпы Индели Длина Покрытие 1 Покрытие 2
Penicillin-binding protein 1A/1B PBPA_ECOLI PBPA_BACSU 776.5 26.4 41.6 267 26 870 96.7% 71.2%
Aminodeoxychorismate synthase component 2 PABA_ECOLI PABA_BACSU 641 61.1 81.6 0 0 185 98.9% 95.7%
3-dehydroquinate dehydratase AROD_ECOLI AROD_BACSU 649 53.8 71.3 0 0 251 99.6% 98.4%

3. Результат прнименение программ выравнивания к неродственным белкам.


Таблица 3. Характеристики глобального парного выравнивания 1 пары неродственных белков.
ID 1 ID 2 Вес %Индентичность %Схожесть Гэпы Индели Длина
MINC_ECOLI FLOA_BACSU 20 12.4 19.9 230 15 396

Таблица 4. Характеристики локального парного выравнивания 1 пары неродственных белков.
ID 1 ID 2 Вес %Индентичность %Схожесть Гэпы Индели Длина Покрытие 1 Покрытие 2
MINC_ECOLI FLOA_BACSU 34.5 27.4 40.3 4 1 62 26.8% 17.5%

Выравнивание MINC_ECOLI и FLOA_BACSU

Выше представлены результаты выравнивания 2 белков: MINC_ECOLI и FLOA_BACSU. При глобальном выравнивании мы видим маленький процент индентичности (12.4%) и схожести (19.9%), что подтверждает неродственность белков. Если обратить внимание на количество гэпов от всей длины (230/396), вывод станет еще очевиднее.

А вот при локальном выравнивании это не очевидно, так как индентичность близка к 30% (27.4%), а схожесть вообще больше 40% (40.3%).Количество гэпов при локальном выравнивании тоже сбивает с толку (4/62).


4. Множественное выравнивание белков и импорт в Jalview.

Для множественного выравнивания я выбрала белок Penicillin-binding protein 1A (PBPA). В базе данных Swiss-Prot их было найдено 37 штук. Из этого количества я выбрала только 5: PBPA_CLOPE, PBPA_HAEI, PBPA_NEIGO, PBPA_MYCTU, PBPA_AQUAE. Данное выравние выполнялось с помощью программы Jalview, с результатом можете ознакомиться по ссылке. Исходя из выполенеого выравнивания можно сказать, что белки скорее негомологичны,так как есть сомнительные, достаточно большие неконсервативные участки (5-34,из общего участка выделяются последовательности аминокислот PBPA_CLOPE и PBPA_BACSU; 383-500, PBPA_NEIGO, PBPA_HAEIN и PBPA_ECOLI; 740-823, PBPA_HAEIN и PBPA_ECOLI;963-1237, сильно выделяется PBPA_BACSU). В определении консервативности я пользовалось столбчатой диаграмой "conservatoin". Подводя итоги, можно сказать, что хоть белки и имеют одиннаковую мнемонику, но не являются гомологичными.