Практиум 2

Задание 1

Задание 2

Я выбрала структуру A-формы ДНК. Я выбрала основание-гуанин номер 12. В сторону большой бороздки направлены атомы: N2, C2, N3, N4, C4, N9; в сторону малой бороздки направлены атомы: N1, C5, C6, O6, N7, C8.

fig8 — **Рис. 1.** Гуанин. Красным отмечены атомы, смотрящие в большую бороздку. Синим - в малую.

Таблица 1. Параметры A, B и Z-форм ДНК..

Параметры	A-форма	B-форма	Z-форма
Тип спирали (правая или левая)	правая	правая	левая
Шаг спирали (Å)	28.0	33.8	43.5
Число оснований на виток	11	10	12
Ширина большой бороздки	17.0 B/DA`30/P---A/DA`14/P	17.2 A/DG`5/P---B/DG`33/P	18.3 B/DC`28/P---A/DC`10/P
Шрина малой бороздки	8.0 A/DC`4/P---B/DT`31/P	11.7 B/DC`32/P---A/DG`13/P	7.2 B/DG`17/P---A/DG`7/P

Задание 3

Мне была выдана структура тРНК: PDB 1n78.По таблице, которую я получило было четко выдно 4 стебля. Ниже представлены их координаты:

501-507 по I цепи, 572-566 по II цепи.

549-553 по I цепи, 565-561 по II цепи.

538-544 по I цепи, 532-526 по II цепи.

510-513 по I цепи, 525-522 по II цепи.

Далее было необходимо найти неканонические пары оснований в структуре тРНК:

G--U

U--A

U--G

A--A

G--C

Странно то, что пары G--C и A--U были помечены как неканонические.

Дополнительные водородные связи в тРНК:

554_:U-**--A:.558

555_:U-**+-G:.518

508_:U-**--A:.546

514_:A-**--A:.521

515_:G-**+-C:.548

519_:G-----C:.556

Файл из которой были сделаны выводы для задания:туть.