Практиум 7

Задание 1. Выбор качественной сборки генома эукариотического организма.

Рис 1
Рис1. Cutie.

1) Для этого задания я выбрала утконоса (лат. Ornithorhynchus anatinus).Конечно же все знают, кто такие утконосы ( водоплавующие млекопитающии, относятся к отряду однопроходные и тд), поэтому хочу рассазать несколько приколных фактов про это необычное животное.

Итак, он является символом Австралии, а точнее он изображен на реверсе австралийской монеты в 20 центов.

Утконоявляется ядовитым животным, точнее на каждой ноге есть железа, которая при попадании на кожу вызывает болевой шок, но что интересно, не было зарегистрировано ни одного случая смерти от утконосов или от их укусов.

Эти прекрасные толстопузики не имеют желудка, те пищевод сразу связан с кишечников.

Еще прикольный факт, что они использует свой хвост как место для хранения жира на случай нехватки пищи.

Также вспомним, что это млекопитающее, но он потеет молоком, а детеныши всасывают молоко из складок брюшка.

Вывод: я фанат утконоса, а вы?

2) Поисковый запрос: Ornithorhynchus anatinus;

3) Была найдено 4 сборки;

4) У мной выбранной сборки уровень сборки - хромосомный, это означает, что в нашей сборки сущесвует последовательность для 1/нескольких хромосом (возможно у нас есть полностью секвенированная хромосома (без пробелов) или же содержащая пробелы (контиги с пробелами));

5) Это сборка является референсной, те она была проверена несколькими ген банками, и явялется эталонной.

fig7
Рис2. Улыбочку.
fig7
Рис3. ПУзико.

Задание 2. Выпишите в виде таблицы некоторые характеристики выбранной сборк.

Индификаор Genebank GCA_004115215.4
Индификаор RefSeq GCF_004115215.2
Размер генома 1.9 Gb
Число скафолдов 321
Scaffold N50 83.3 Mb
Scaffold L50 7
Число контигов 833
Contig N50 15.1 Mb
Contig L50 36

Задание 3. Скачайте сборку генома, аннотацию и предсказанные белковые последовательности выбранного организма.

Были скачены:

1. Нуклеотидные последовательности генома (в формате FASTA);

2. Последовательности белков (в формате FASTA);

3. Последовательности генома с аннотацией (GBFF).