Практиум 1

Задание 1.

Отобранные бактерии

Название Мнемоника
Rhizobium meliloti RHIME
Roseobacter denitrificans ROSDO
Saccharophagus degradans SACD2
Serratia proteamaculans SERP5
Shewanella denitrificans SHEDO
Thiobacillus denitrificans THIDA
Yersinia pestis YERPE

Скобочная формула

(((((SERP5,YERPE), SHEDO), SACD2), THIDA), (RHIME, ROSDO));


Изображение дерева

fig8

Ветви дерева

Дерево содержит 4 нейтральные ветви:

{SERP5, YERPE} против {SHEDO, SACD2, THIDA, RHIME, ROSDO}

{SERP5, YERPE, SHEDO} против {SACD2, THIDA, RHIME, ROSDO}

{SERP5, YERPE, SHEDO, SACD2} против {THIDA, RHIME, ROSDO}

{SERP5, YERPE, SHEDO, SACD2, THIDA} против {RHIME, ROSDO}


Практикум 2

Задание 1.

Построим таблицу с полной таксономии всех выбранных бактерий, а затем подпишим все нетривиальные ветви нашего дерева (Дерево было построено в практикуме 1).

Название Таксономия
Rhizobium meliloti (RHIME) cellular organisms; Bacteria; Pseudomonadota; Alphaproteobacteria; Hyphomicrobiales; Rhizobiaceae; Sinorhizobium/Ensifer group; Sinorhizobium
Roseobacter denitrificans (ROSDO) cellular organisms; Bacteria; Pseudomonadota; Alphaproteobacteria; Rhodobacterales; Roseobacteraceae; Roseobacter
Saccharophagus degradans (SACD2) cellular organisms; Bacteria; Pseudomonadota; Gammaproteobacteria; Cellvibrionales; Cellvibrionaceae; Saccharophagus
Serratia proteamaculans (SERP5) cellular organisms; Bacteria; Pseudomonadota; Gammaproteobacteria; Enterobacterales; Yersiniaceae; Serratia
Shewanella denitrificans (SHEDO) cellular organisms; Bacteria; Pseudomonadota; Gammaproteobacteria; Alteromonadales; Shewanellaceae; Shewanella
Thiobacillus denitrificans (THIDA) cellular organisms; Bacteria; Pseudomonadota; Betaproteobacteria; Nitrosomonadales; Thiobacillaceae; Thiobacillus
Yersinia pestis (YERPE) cellular organisms; Bacteria; Pseudomonadota; Gammaproteobacteria; Enterobacterales; Yersiniaceae; Yersinia; Yersinia pseudotuberculosis complex

В дереве присутствует пустая ветвь, SHEDO, YERPE и SERP5 имеют разные порядки.

дерево

Задание 2.

Для реконструкции филогенетического дерева была взята функция белка RL21 (один из белков большой субъединицы рибосомы). Из Uniprot были получены белковые последовательности

На сайте NGPhylogeny.fr была проведена реконструкция деревьем тремя алгоритмами: FastME (минимальная эволюция), TNT (максимал>

fig8
Рис. 2 Дерево, построенное алгоритмом FastME.
fig8
Рис. 3 Дерево, построенное алгоритмом FastME и укорененное в среднюю точку.
fig8
Рис. 4Дерево, построенное алгоритмом TNT.
fig8
Рис. 5Дерево, построенное алгоритмом PhyML.
fig8
Рис. 6Дерево, построенное алгоритмом PhyML и укорененное в среднюю точку.

Практикум 2

Задание 1. Укоренение с использованием внешней группы

fig8
Рис. 7 Дерево с внешней группой — Helicobacter pylory (мнемоника HELPY), построенное алгоритмом FastME и укорененное посредством внешней группы .
fig8
Рис. 8 Дерево, построенное алгоритмом FastME и укорененное в среднюю точку.

Задание 2. Бутсреп

fig8
Рис. 9 Дерево, построенное алгоритмом FastME, с поддержкой ветвей
fig8
Рис. 10 Дерево, построенное алгоритмом FastME, укорененное в среднюю точку, с поддержкой ветвей

Задание 3. Построение дерева по нуклеотидным последовательностям

fig8
Рис. 12 Дерево, построенное по нуклеотидным последовательностям 16S рРНК алгоритмом FASTME и укорененное в среднюю точку
fig8
Рис. 13 Дерево, построенное алгоритмом FASTME по белковым последовательностям функции белка RL21 и укорененное в среднюю точку