Практиум 4

Задание 1. Составление списка гомологичных белков, включающих паралоги.

Из данной дериктории /P/y22/term4/Proteomes, я скачала все фаста файлы моих 7 белков. Далее среди них мы искали достоверные гомологи белка CLPX_ECOLI. В результате работы BLAST мы получили 26 гомологов, которые я сохранила сюда. Выдача бласта туть


Задание 2. Реконструкция и визуализация.

Файл с ноходками гомологов, которым мы будем пользоваться далее.

Дерево найденных гомологов было реконструированно программой FastME c параметрами: 'Gamma distributed rates across sites' — No, 'Starting tree' — BIONJ, 'No refinement', 100 бутстреп реплик.

Полученная форма Newick.

По реконструированному дереву находим три пары ортологов(а) из разных организмов; б) разделение их общего предка на линии, ведущие к ним, произошло в результате видообразования) и три пары парологов (Два гомологичных белка из одного организма).


Ортологи: CLPX_SERP5 и CLPX_YYERPPE, CLPX_RHIME и CLPX_ROSDO, HSLU_RHIME и HSLU_ROSDO.

Парологи: A0A5P8YB42 YERPE и A0A5P8YCE6 YERPE, Q12QI8 SHEDO и HSLU_SHEDO, A8G901_SERP5 и CLPX_SERP5.

fig8
Рис. 1 Эталонное дерево.
fig8
Рис. 2 Филогенетическое дерево гомологов белка CLPX_ECOLI.
fig8
Рис. 3 Филогенетическое дерево гомологов белка CLPX_ECOLI. Группы ортологов и паролог отмечены разными цветами: Красная группа - АТФ-зависимые Clp протеазы, Синяя группа - АТФ-зависимые протеазы (субъединица АТФазы HslU2), Оранжевая группа - АТФ-зависимые цинковые металлопротеазы.
fig8
Рис. 4 Филогенетическое дерево гомологов белка CLPX_ECOLI со схлопнутыми ветвями.

Сравненивая реконструированные филогенией ортологические группы с филогенией бактерий можно заметить одиннаковыую тенденцию во всех ортологических группах, а именно: YERPE SERP5 против SHEDO против SACD2 против THIDA против ROSDO и RHIME, что сведетельствует о правильной филогении.