Практиум 7

Введение.


Мне было выдано 47 белков и моей цель было проанализировать их с помощью баз данных Reactome и Human Protein Atlas, заодно посмотреть на выдачу и все удобства этих баз данных.


Reactome.

Интерфейс этой базы данных просто удивляет и завраживает. Максммально удобно и легко найти нужную информацию по вашему запросу. Можно искать как по отдельным белкам, так и по файлу с неограниченным числом белков. Работает программа очень быстро, буквально через минуту я получила интерактивную картинкусо всеми процессами, в которых участвуют мои белки.

Итак, посмотрим на чудейснейший вывод этой программы.

fig8
Рис. 1 Общая выдача базы данных Reacfoam

Данная база данных класторезовала мои белки по процессам в которых они участвуют, а еще она сразу посчитала p-value, обозначив наименьшее значение светло желтым, а больлее большии, соотвественно, более темным. Очень удобно, что это картинку не надо вручную приближать, что рассмотреть все области, достаточно просто тыкнуть на понравившийся вам кластер. таким оброзом, я потыкала на блоки с хорошим значением p-value.

fig8
Рис. 2 Много белков из цикла клеточного метаболизма.

Поройдемся по этим блокам, пойду по ходу увеличения p-value: метаболизм нуклеотидов, оксида азота, порфиринов, инозитаолфосфата, углеводов, биологическое окисление, аэробное дыхание, метаболизм амино кислот и метаболизм жиров.

fig8
Рис. 3 Локализация белка, оказывается он кластеризует не только по процессам и функциям, прикольноооо.
fig8
Рис. 4 Деградация митохондриального белка
fig8
Рис. 5 Сигнализация ядерными рецепторами.
fig8
Рис. 6 Абакавир АДМЕ.
fig8
Рис. 7 Клиренс липопротеинов в плазме крови.
fig8
Рис. 8 Дефекты в метаболизме витамминов и кофаторов.

Human Protein Atlas.

И этой базе данных нельзя анализировать сразу несколько белков, а вбивать вручную я не отважилась, поэтому просто решила посмтореть на примере одного белка GRHPR как там все устроино, что выдает, и что вообще можно узнать про этот белок.

Мой белочек является Фермент, обладающий ферментативной активностью гидрокси-пируватредуктазы, глиоксилатредуктазы и D-глицератдегидрогеназы. Восстанавливает гидроксипируват до D-глицерата, глиоксилат до гликолята, окисляет D-глицерат до гидроксипирувата. Он преимущественно распалагается в цитоплазиме, а также в нуклеплазме. Если посмотреть на экспрессию рнк, ты выше всего она в клетках почеченой коры человека, репродуктивных органах женщин.


fig8
Рис. 9 Основная информация о белке, его располодение в клетке.

fig8
Рис. 10 Экспрессия рнк в разных органах человека.
fig8
Рис. 4 "Прикольные заблудшие души в клетках человека.
fig8
Рис. 11 Ну и привиденья в клетках мыши.

Выводы.

У меня боьшое число белков сявзанных с метаболизмом. База данных Reactome очень удобна в использовании и класеризации, можно быстро найти интересующую вас область, связанную с вашим белком. Human Protein Atlas, по идеи набор красивых и интересных картиночек, хорошая сводка информации, связанная с медициной, но огромное неудобство, что можно только по одному белку анализировать.