Главная страница > Четвертый семестр > Филогенетические деревья

Филогенетические деревья

Оценка достоверности реконструированной топологии с помощью бутстреп-анализа

Для проведения бутстреп-анализа, программой fseqboot были созданы 100 бутстреп-реплик выравнивания. Каждая реплика - это множественное выравнивание в формате PHYLIP (в верхней строке указано количество последовательностей в выравнивании и длина выравнивания, ниже расположено само выравнивание).
fseqboot mut.fasta -auto

Результат в файле mut.fseqboot

Затем полученные 100 выравниваний были поданы на вход программе fdnaml:

fdnaml mut.fseqboot -outfile mut.fdnaml -outtreefile mut.treefile -auto

Результат в файле mut.treefile

Затем с помощь программы fconsense и был получен результат

Сравнение консенсуного дерева с реальным.

CONSENSUS TREE:
the numbers on the branches indicate the number
of times the partition of the species into the two sets
which are separated by that branch occurred
among the trees, out of 100.00 trees

                       +------B
         +--------98.0-|
         |             +------A
  +------|
  |      |      +-------------D
  |      +-45.0-|
  |             |      +------F
  |             +-72.0-|
  |                    +------E
  |
  +---------------------------C

Консенсусное дерево полностью совпадает по топологии с реальным деревом. Входящие в консенсус ветви из деревьев, построенных программой fdnaml, встречаются там с различной частотой. Так например, ветвь, отделящщая листья AB от листьев CDEF, встречается в 98 случаях из 100 и является самой достоверной.

Изображение филогенетического дерева в графическом формате

Скобочная модель "реального" дерева была подана на вход программе fdrawtree. Полученный файл в формате postscript был переведен в формат GIF.

Данное бескорневое дерево полностью совпадает по топологии с "реальным". Здесь очень хорошо видно насколько эволюционно удалена последовательность F.