Электронная плотность

1. В записи 2B5A глутамин 21 цепи C имеет две альтернативных конформации, такие же глутамины трёх других цепей – по одной конформации. Необходимо создать изображение, на котором были бы видны обе конформации глутамина 21 цепи C и поверхности уровней 1 и 0.5 электронной плотности в окрестности этого остатка. Создать аналогичное изображение для того же остатка любой из трёх других цепей.

Для того, чтобы сравнить электронную плотность глутамина 21 цепи C и 21 глутамина, напр., цепи A, загружу в PyMol файл 2b5a.pdb и файл с электронной плотностью 2b5a.omap, присвоив им разные названия:

load 2B5A.pdb, 2b5a_coo  
load 2b5a.omap, 2b5a_map

Выведя на экран остаток глутамина 21 нужной цепи (в данном случае С), визуализирую поверхности уровней 1 и 0,5 электронной плотности в окрестности этого остатка с помощью команды isomesh:

isomesh map1, 2b5a_map, 1, c/21/, 1  
isomesh map2, 2b5a_map, 0.5, c/21/, 1

Здесь "map1" – имя нового объекта с изображением поверхности, "2b5a_map" – имя объекта с электронной плотностью, "1" – уровень электронной плотности на изображаемой поверхности; далее идёт множество, электронную плотности вокруг которого вы хотим изобразить. Последний аргумент – так называемый "buffer".

Изображение электронной плотности глутамина 21 цепи C:

Поверхности уровней 1 и 0.5 электронной плотности показаны желтым и белым. Сверху расположен остов остатка, снизу - B-конформация боковой цепи, левее - A-конформация боковой цепи. Видно, что в B-конформации электронная плотность между атомами CG и CD очень низкая. Больше всего электронная плотность стянута к кислороду и азоту.

Изображение электронной плотности глутамина 21 цепи A:

Поверхности уровней 1 и 0.5 электронной плотности показаны желтым и белым. Сверху расположен остов остатка, вниз идет ответвление боковой цепи. Электронная плотность между атомами CG и CD низкая, но, как мне показалось, она ближе к таковой в конформации B нежели в конформации A глутамина 21 цепи C. Больше всего электронная плотность стянута к кислороду и азоту.

 

2. Для одного из больших аминокислотных остатков из структуры 1jw9 создать изображение, демонстрирующее электронную плотность вокруг проволочной модели этого остатка (большими считать остатки, имеющие более четырёх тяжёлых атомов в боковой цепи).

Посмотрим на электронную плотность остатка в файле 1jw9.pdb. Электронная плотность данной структуры была получена с сайта EDS (http://eds.bmc.uu.se/eds/) и сохранена в файл 1jw9.omap.
Пользуясь командами из прошлого задания, получу изображение электронной плотности вокруг остатка фенилаланина 63 цепи B:

Поверхности уровней 1 и 0.5 электронной плотности показаны желтым и белым.

©2008-2010 Михальченко Алексей