Пространственное выравнивание и совмещение

1. Совмещение доменов цепей А записей 1HY0 и 1I0A в PyMOL.

Построим три совмещения цепи А записи 1HY0 и цепи А записи 1I0A (по каждому из доменов CATH). При помощи сервера pDomains выясним доменную организацию цепей А этих записей, выданную методом CATH:

Method	Domain Id	Fragment
CATH	1HY0A1	27-123 , 195-234
	1HY0A2	124-194 , 235-364 , 437-463
	1HY0A3	365-436

 

Method	Domain Id	Fragment
CATH	1I0AA1	27-123 , 195-234
	1I0AA2	124-194 , 235-364 , 437-463
	1I0AA3	365-436

В PyMOL по каждому из доменов построим совмещения :

align <домен1>,<домен2>

Совмещение по 1 домену (rmsd=0.371):

Остов цепи A записи 1HY0 показан зеленым, остов цепи A 1I0A - фиолетовым.

Совмещение по 2 домену (rmsd=0.409):

Совмещение по 3 домену (rmsd=0.527):

По отдельности домены хорошо совмещаются, но при этом заметно несовпадение по оставшимся участкам цепи.

2. Структурное выранивание цепей A записей 1AKH и 1W0T PDB. Геометрическое ядро.

Построим структурное выравнивание цепи A из 1AKH и цепи A из 1W0T при помощи программы PDBeFOLD (она же SSM). Полученное выравнивание в fasta формате. По данному выравниванию с помощью сервиса Geometrical core найдём геометрическое ядро с порогом 2Å, предварительно изменив названия последовательностей (отредактированный файл с выравниванием). В результате получим таблицу аминокислотных остатков, образующих геометрическое ядро:

Pos.	1AKH_A	1W0T_A
11	ALA83	LYS389
12	PHE84	ASN390
13	LEU85	LEU391
15	GLU87	SER393
28	LYS100	TRP403
29	GLU101	SER404
30	GLU102	LYS405
31	VAL103	ILE406
41	THR110	THR416
42	PRO111	SER417
43	LEU112	VAL418
44	GLN113	MET419
45	VAL114	LEU420
46	ARG115	LYS421
47	VAL116	ASP422
48	TRP117	ARG423
49	PHE118	TRP424
50	ILE119	ARG425
51	ASN120	THR426
52	LYS121	MET427
53	ARG122	LYS428
54	MET123	LYS429
55	ARG124	LEU430

Совместим в PyMOL при помощи команды pair-fit структуры по Cα-атомам, входящим в геометрическое ядро:

RMSD = 0,865, что говорит о хорошем совмещении структур..
Остов цепи А структуры 1AKH показан зеленым (остатки, входящие в геометрическое ядро - желтым), а остов цепи А структуры 1W0T показан фиолетовым (остатки, входящие в геометрическое ядро - крысным).

Посмотрим на совмещение полных цепей командой align:

RMSD=1.340. Цепи совмещены неверно.
Чтобы лучше видеть разницу между этими двумя совмещениями, покраска была такая же, как и на предыдущем изображении.

 

©2008-2010 Михальченко Алексей