1. Выбор семейства белковых доменов из базы Pfam и его описание
| Тип данных | Данные |
|---|---|
| AC pfam | PF04547 |
| ID pfam | Anoctamin Calcium-activated chloride channel |
| SEED | 284 |
| All | 20324 |
| SW | 27 |
| Architectures | 390 |
| 3D | 70 |
| Taxonomy | eukaryota - 28511, archaea - 0, bacteria - 0 |
Белки семейства Anoctamin являются трансмембранными белками, многие из которых функционируют как кальций-активируемые хлоридные каналы или переносят липиды между слоями мембраны.
Известные 3D-структуры показывают наличие большого числа α-спиралей; многие белки кристаллизуются в димеры. В структуре формируется область, связанная с переносом ионов или липидов через мембрану.
Домен встречается только у эукариот, включая животных, растения и грибы. Это может указывать на его древнее происхождение и важную функцию. Отсутствие домена у бактерий может указывать на его участие в более сложных мембранных процессах, которые больше характерны для эукариот.
2. Выравнивание белковых доменов (seed) с точки зрения гомологичности всех последовательностей или их подмножества
| Тип данных | Информация |
|---|---|
| Выравнивание seed | 284 последовательности, 1617 колонок |
| Максимальный достоверный блок, включающий ВСЕ последовательности (МДБ-all) | Колонки 4-20 |
| 100% консервативные колонки в МДБ-all | 6:G, 12:Y |
| Максимальный достоверный блок, НЕ включающий все последовательности (МДБ-notAll) | Колонки 124-131, последовательности 273-284 |
| 100% консервативные колонки в МДБ-notAll | 124:G, 125:T, 126:V, 128:F, 129:A |
| Участок без достоверных подблоков | 1540-1550 |
Карта локального сходства (dotplot) двух последовательностей
| Тип данных | Информация |
|---|---|
| Доменная архитектура 1 | PF00595 - PF00595 - PF00595 - PF16178 - PF04547 |
| Белок с архитектурой 1 | A0A2B4SDQ5_STYPI |
| Доменная архитектура 2 | PF03731 - PF02735 - PF03730 - PF01048 - PF04547 |
| Белок с архитектурой 2 | A0A820HZS3_9BILA |
Dotplot демонстрирует локальные участки сходства. Наблюдаются разрывы и смещения диагонали, что связано с вероятным наличием делеций, инделей. Крупный разрыв диагонали на графике связан с отсутствием гомологичных доменов в сравниваемых последовательностях.
