Практикум №9. Выравнивание последовательностей
Глобальное парное выравнивание гомологичных белков
Таблица 1. Характеристики глобального парного выравнивания трех пар белков
Локальное парное выравнивание гомологичных белков
Таблица 2. Характеристики локального парного выравнивания трех пар белков
Результат применения программ выравнивания к неродственным белкам
Возьмем в качестве негомологичных белков ACCA_ECOLI (Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha) и ACCD_BACSU (Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit beta) и проведем выравнивание с ними.
Таблица 3. Характеристики выравниваний негомологичных белков
Из таблицы 3 видно, что резко увеличилось количество инделей, а также можно заметить, что идентичность и схожесть значительно ниже, чем при выравнивании гомологичных белков.
Множественное выравнивание белков и импорт в Jalview
Для множественного выравнивания была взята мнемоника ACKA.Всего с данной мнемоникой нашлось 335 белков. ACKA_ECOLI находится в Escherichia coli (strain K12).
Для анализа были выбраны:
1) ACKA_SALTY (Acetate kinase / Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720))
2) ACKA_THEMA (Acetate kinase / Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / DSM 3109 / JCM 10099 / NBRC 100826 / MSB8))
3) ACKA_CLOAB (Acetate kinase / Clostridium acetobutylicum (strain ATCC 824 / DSM 792 / JCM 1419 / LMG 5710 / VKM B-1787))
4) ACKA_METMA (Acetate kinase / Methanosarcina mazei (strain ATCC BAA-159 / DSM 3647 / Goe1 / Go1 / JCM 11833 / OCM 88) (Methanosarcina frisia))
5) ACKA_MYCPN (Acetate kinase / Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129))
Белки выравнены хорошо - это объясняется тем, что выбранные организмы являются прокариотами (1, 2, 3, 5 – бактерии, 4 – архея). Наиболее консервативные участки: столбцы 12-15, 120-124, 146-158, 177-186, 209-250, 329-337, 384-389. Возможно эти участки кодируют активные центры ферментов.