Практикум №10

Выравнивание геномов

Mycobacterium — род бактерий семейства Mycobacteriaceae. Микобактерии — аэробны и неподвижны, и характеризуются кислото- и спиртоустойчивостью. Некоторые представители рода (например, M. tuberculosis, M. leprae) патогенны для млекопитающих. Интересно сравнить геномы двух патогенных представителей данного рода. Был сделан запрос на сайте NCBI Genomes и выбрано две бактерии: Mycobacterium tuberculosis (NC_000962.3) - палочка Коха, которая вызывает туберкулез, Mycobactérium leprae (NZ_CP029543.1) - палочка Хансена, которая является возбудителем проказы.

Рис.1 Карта локального сходства, полученная с помощью megablast (ось абсцисс - M. tuberculosis, ось ординат - M. leprae)

Рис.2 Карта локального сходства, полученная с помощью blastn (ось абсцисс - M. tuberculosis, ось ординат - M. leprae)

На обоих рисунках видны инвертированные участки (1М, 1500К, 3М-3500К, 4411532). Карты локального сходства отличаются числом обнаруженных повторов. В blastn появляется "шум". Это объясняется тем, что меньшая длина слова при работе blastn позволяет находить те участки, которые при большей длине слова megablast не находит. Повторы видны как горизонтальные и вертикальные серии точек: на втором рисунке их намного больше и они плотнее. Можно сделать вывод о том, что последовательности считывались с разных цепей, потому что у главной прямой отрицательный тангенс угла наклона.