Практикум №3
Задание 1: Предсказание вторичной структуры заданной тРНК
Таблица 1. Реальная и предсказанная вторичная структура тРНК из файла 1f7u.pdb
Для анализа вторичной структуры тРНК, ее последовательность была выгружена в fasta формате, после чего была запущена программа einverted со стандартными параметрами, кроме Minimum score threshold - 5. Также был реализован алгоритм Зукера программой RNAfold. Полученные результаты сравнивались со значениями, полученными с помощью программы find_pair из предыдущего практикума.
Задание 2: Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре
Упражнение 1
Ссылки на скрипты:
Упражнение 2
Таблица 2. Контакты разного типа в комплексе 1tro.pdb
Исходя и указанного в таблице, больше всего контактов с белком (и полярных, и неполярных) наблюдается у остатков фосфорной кислоты. У атомов азотистых оснований, обращенных в сторону большой бороздки контактов больше, чем у атомов, обращенных в сторону малой, что связано со стерически более доступными условиями у большой бороздки.
Упражнение 3
С помощью программы nucplot было построено изображение для визуализации ДНК-белковых контактов в молекуле:
Рис.1 Выдача nucplot
Упражнение 4
На полученной схеме нужно было выбрать и показать с помощью Jmol:
- Аминокислотный остаток с наибольшим числом указанных на схеме контактов с ДНК - это His65 цепи A. На рисунке его легко найти, потому что он помечен звездочкой. Видно, что он образует связи с A16, G17 и фосфатной группой G8.
- Аминокислотный остаток, по моему мнению, наиболее важный для распознавания последовательности ДНК. Я считаю, что это Arg35 цепи A, поскольку эта аминокислота в двух местах связывается с нуклеотидом, а судя по pdb-модели, делает это в районе большой бороздки, по которой и проходит молекулярное узнавание.
Рис. 2 Контакты с His65:A
Рис. 3 Контакты с Arg35:A
