Задание 1. Предсказание вторичной структуры заданной тРНК
Здесь сравнивается предсказание вторичной структуры тРНК (PDB: 1i9v) при помощи поиска инвертированных повторов и алгоритма Зукера с выдачей программы find_pair. Результаты представлены в таблице 1.
Таким образом, предсказание при помощи алгоритма Зукера, которое наиболее достоверную структуру тРНК выдаёт, не сошлось с выдачей программы find_pair: антикодоновый стебель смещён на 13 нуклеотидов. Программа einverted не нашла инвертированных участков в акцепторном и D-стебле.
| Участок структуры | Позиции в структуре (по результатам find_pair) | Результаты предсказания с помощью einverted | Результаты предсказания по алгоритму Зукера |
|---|---|---|---|
| Акцепторный стебель | 5` 01-07 3`
5` 66-72 3` Всего 6 канонических из 7 пар. |
- | 5` 01-07 3`
5` 66-72 3` Всего 7 пар. |
| D-стебель | 5` 10-13 3`
5` 22-25 3` Всего 4 пары. |
- | 5` 10-13 3`
5` 22-25 3` Всего 4 пары. |
| T-стебель | 5` 49-53 3`
5` 61-65 3` Всего 5 пар. |
5` 49-53 3`
5` 61-65 3` Предсказано 5 канонических пар из 5. |
5` 49-53 3`
5` 61-65 3` Всего 5 пар. |
| Антикодоновый стебель | 5` 40-44 3`
5` 26-30 3` Всего 4 канонических пар из 5. |
5` 22-31 3`
5` 39-48 3` Предсказано 8 канонических пар из 10. |
5` 27-31 3`
5` 39-43 3` Всего 5 пар. |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 19 | 13 | 21 |
Задание 2.
Визуализация структуры 1MDM:
Для JMol были написаны скрипты с определением множеств и изображением структуры.
Заданный белковый комплекс: 1mdm (исследовали В цепь белка). Скрипт, показывающий контакты ДНК с белком. В таблице 2 приведены результаты выполнения скрипта. Таким образом, больше всего оказалось количество неполярных связей с фосфатной группой и с атомами оснований, принадлежащих к большой бороздке.
| Контакты атомов белка с | Полярные | Неполярные | Всего |
|---|---|---|---|
| остатками 2'-дезоксирибозы | 3 | 13 | 16 |
| остатками фосфорной кислоты | 23 | 16 | 39 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 0 | 13 | 13 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 0 | 1 | 1 |
Далее с помощью программы nucplot построили схему ДНК-белковых контактов. Получили, что дважды встречаются остатки Gly30, Gly84, Gly85, Val90 и трижды - Asn21, Arg137. Рассмотрим Gly85, который образует с азотистым основанием водородными связями, что, возможно, влияет на специфичность связывания. Arg137 образует три связи с тимином.
