Задание 1.
Кот домашний (лат. Felis catus) - хищное млекопитающее из семейства кошачьих (Felidae). Домашнего кота рассматривают как подвид Felis silvestris. Размеры тела (без хвоста) - 60 см в длину, довольно крупное животное; вес составляет в среднем 2,5—6,5 кг. Питается мелкими грызунами, реже - птицами. У домашнего кота всего 38 хромосом и около 20 000 генов.
Данный вид используют в качестве модельного организма в исследованиях, связанных с биомедициной, нейробиологией, эндокринологией, поведением и репродуктивной биологией. Ещё он популярен среди селекционеров: выводят очень много пород. На фотографии изображён представитель породы короткошёрстных британцев.
На странице NCBI Genome ввели поиск по этому организму (Browse by Organism). В качестве лучшей сборки была выбрана сборка на уровне хромосомы.
Последовательность одного из контигов была добыта через WGS-проект (идентификатор: JAFEKA01) на сайте NCBI Sequence Set Browser. Во вкладке Contigs был выбран контиг scaffold_29-1 (AC: JAFEKA010000039.1). Затем через страницу нуклеотидной записи был скачан fasta-файл. Информацию про геном можно найти в табл.1.
| Число сборок | 5 |
| Assembly Name | F.catus_Fca126_mat1.0 |
| AC сборки из GenBank; | GCA_018350175.1 |
| Уровень сборки | Хромосомный (Chromosome) |
| Общая длина последовательности | 2,425 Mb (2,425,747,038) |
| Число контигов | 110 |
| Число контигов N50 | 90,731,473 |
| Число контигов L50 | 10 |
| Число скэффолдов | 71 |
| Число скэффолдов N50 | 148,491,486 |
| Число скэффолдов L50 | 7 |
| Ссылка на публикацию | Lopez JV et al., "Complete nucleotide sequences of the domestic cat (Felis catus) mitochondrial genome and a transposed mtDNA tandem repeat (Numt) in the nuclear genome.", Genomics, 1996 Apr 15;33(2):229-46 |
| Последовательность контига | ссылка |
Задание 2.
Поиск полных геномов прокариотических вирусов Siphoviridae производился по базе Nucleotide на сайте NCBI. Запрашивая длина - 80000-90000. Текст запроса: ((Siphoviridae[Organism]) AND 80000:90000[Sequence Length]) AND complete genome[Text Word].
| GenBank | 74 |
| RefSeq | 26 |
| AС | EU100883 |
| Латинское название | Thermus phage P23-45 |
| TaxID | 466051 |
| Тип генома | Linear dsDNA |
| Хозяин вируса | Thermus thermophilus |
| Файл с участками генома, предположительно кодирующими белки (CDS) | ссылка |
Как получить fasta-файл: "send to:" - "coding sequences" - "FASTA Nucleotide".
Задание 3.
Ключи локальных особенностей:
centromere - участок ДНК, отвечающий за связывание сестринских хроматид и формирование кинетохоры.
AC: HG994155.1.
centromere 538789..538905
/note="CEN16; Chromosome XVI centromere"
centromere 538789..538798
/note="CEN16_CDEI of CEN16"
centromere 538799..538880
/note="CEN16_CDEII of CEN16"
iDNA - вмешивающаяся ДНК - ДНК, которую элиминируют через различные варианты рекомбинации (например, при процессинге генов иммуноглобулина в соматических клетках).
AC: MH388468.1.
iDNA 312..404
/note="internal eliminated sequence"
iDNA 596..653
/note="internal eliminated sequence"
J_segment - сегмент, присоединяющий тяжёлые и лёгкие цепи иммуноглобулина.
AC: NG_006980.1.
J_segment 643070..643117
/gene="Trbj1-1"
/gene_synonym="Gm16646"
/standard_name="TRBJ1-1"
/db_xref="GeneID:100125248"
mat_peptide - последовательность, кодирующая зрелый или изменённый после пост-трансляционной модификации белок; стоп-кодон сюда не входит.
AC: BS001191.1.
mat_peptide 16211..18013
/gene="ORF1ab"
/product="helicase"
mat_peptide 18014..19594
/gene="ORF1ab"
/product="3'-to-5' exonuclease"
mat_peptide 19595..20632
/gene="ORF1ab"
/product="endoRNAse"
mat_peptide 20633..21526
/gene="ORF1ab"
/product="2'-O-ribose methyltransferase"
rep_origin - ориджин репликации - сайт, с которого идёт инициация репликации ДНК.
AC: LC652750.1.
rep_origin 40..659
/note="pBR322 replication origin"
rep_origin 1245..5434
/note="Ri plasmid replication origin"