В данном практикуме построили филогенетичское дерево для выбранных семи бактерий (табл.1) из предложенных пятнадцати.

Название	Мнемоника	Таксономия
Acidothermus cellulolyticus	ACIC1	cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Actinobacteria; Actinomycetia; Acidothermales; Acidothermaceae; Acidothermus
Clavibacter michiganensis	CLAMS	cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Actinobacteria; Actinomycetia; Micrococcales; Microbacteriaceae; Clavibacter
Corynebacterium diphtheriae	CORDI	cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Actinobacteria; Actinomycetia; Corynebacteriales; Corynebacteriaceae; Corynebacterium
Corynebacterium efficiens	COREF	cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Actinobacteria; Actinomycetia; Corynebacteriales; Corynebacteriaceae; Corynebacterium
Rubrobacter xylanophilus	RUBXD	cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Actinobacteria; Rubrobacteria; Rubrobacterales; Rubrobacteraceae; Rubrobacter
Streptomyces avermitilis	STRAW	cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Actinobacteria; Actinomycetia; Streptomycetales; Streptomycetaceae; Streptomyces
Thermobifida fusca	THEFY	cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Actinobacteria; Actinomycetia; Streptosporangiales; Nocardiopsaceae; Thermobifida

Далее начинаем строить филогенетическое дерево, опираясь на дерево, находящееся на страничке первого практикума. Для этого сначала нарисуем его у себя на листочке, напишем скобочную формулу, которую необходимо потом вбить в программу (например, iTOL).

Скобочная формула: (((((STRAW, THEFY), ACIC1), CLAMS), (COREF, CORDI)), RUBXD);

Дерево содержит четыре нетривиальные ветви:

1. {STRAW, THEFY} против {ACIC1, CLAMS, COREF, CORDI, RUBXD}
2. {STRAW, THEFY, ACIC1} против {CLAMS, COREF, CORDI, RUBXD}
3. {STRAW, THEFY, ACIC1, CLAMS} против {COREF, CORDI, RUBXD}
4. {STRAW, THEFY, ACIC1, CLAMS, RUBXD} против {COREF, CORDI}

Одну нетривиальную ветвь создаёт таксон Corynebacteriales.