| Идентификатор PDB | 2B4L |
| Название белка | Белок, связывающий глицинбетаин – OPUAC_BACSU (Glycine betaine-binding protein OPUAC_BACSU) |
| Количество цепей | Одна (см рис. 1) |
1. Средний шаг альфа-спирали равен 5,845 Ангстрем (рис. 3)
2. Исследуемая альфа-спираль изображена на рисунке 7. Было определено число остатков спирали на один виток. С помощью Far-manager, была найдена спираль (Helix) 1, которая состоит из 6-и аминокислот, начинается с серина и прерывается валином. Данная спираль совершает 2 витка, следовательно, число аминокислотных остатков на один виток будет равно трем (рис. 4)
3. Образование водородных связей. Альфа-спираль состоит из 6 аминокислотных остатков: SER(9)-ALA(10)-ALA(11)-GLU(12)-GLN(13)-VAL(14). Водородные связи образуются между ALA(10) и VAL(14), а также между SER(9) и GLN(13), что наглядно продемонстрировано на рис. 5. На рисунке 5.2 более наглядно изображено образование водородных связей. Водородные связи между карбонильной группой одного аминокислотного остатка (атомы кислорода красного цвета) и аминогруппой другого, лежащего ближе к N-концу полипептида. Водородные связи для остатка n в цепи будут образовываться для атомов азота аминогруппы с атомами карбонильной группы остатков n+4 и n-4, для атомов карбонильной группой - наоборот.
4. Исследование положения бета-листов. Были выбраны 3 бета-тяжа, месторасположение которых видно на рисунке 6.2. Из рисунка 6 видно, что 1 и 2 тяжи являются антипараллелельными, так как их направления в плоскости являются разнонаправленными. Тяж 3 пересекает плоскость тяжей 1 и 2. Тяжи образуют выпуклость вверх, что видно из изображения, если параллельным переносом сдвинуть направляющие векторы самих тяжей, то есть вдоль каждого провести параллельные линии.
1. В Белке Opuac_Bacsu (с идентификатором 2B4L) отсутствуют цистеиновые остатки. Из чего следует, что образование дисульфидных мостиков не происходит. Для поиска цистеина использовался FAR-manager, открыв PDB-файл и просмотрев наличие данной аминокислоты. Также с помощью JMOl была выбрана цепь А, и в ней была попытка найти аминокислотные остатки цистеина, результаты поиска - 0 атомов.
2. Солевые мостики. Что же такое солевой мостик? На самом деле это особенное нековалентное соединение водородных и электростатических сил, основанное на ионном типе связи. Благодаря солевым мостикам белок способен переходить в сложную третичную структуру. Солевые мостики образуются заряженными аминокислотными остатками, а именно, положительно заряженными лизином(LYS), гистидином(HIS), аргинином(ARG) и отрицательно заряженными глутаминовой кислотой(GLU) и аспарагиновой кислотой(ASP). В структуре белка 2B4L (OPUAC_BACSU) солевых мостиков 10. Возникает вопрос, неужели в белке так мало заряженных аминокислот. На самом деле чтобы образовался солевой мостик максимальное расстояние между аминокислотами должно не превышать 4-х ангстрем. Солевые мостики представлены на рисунке 8 (ниже), более подробно со всеми измерениями образование солевого мостика иллюстрирует рисунок 9.
