Вернуться на страницу семестров

Поиск гипотетических гомологов белка OPUAC_BACSU

Поиск гипотетических гомологов белка OPUAC_BACSU был выполнен с помощью программы BLAST в различных банках: nr, Swiss-Prot и PDB. Банк nr (Non-redundant protein sequences) содержит информацию о белковых последовательностях из различных баз данных, что делает его не самым надежным, банк Swiss-Prot содержит только аннотированные последовательности, а PDB только последовательности, для которых известна структура.
  Поиск по Swiss-Prot Поиск по PDB Поиск по "nr"

1. Лучшая находка (с последовательностью исходного белка)

Accession P46922.1 2B4L_A NP_388182.1
E-value 0.0 0.0 0.0
Вес (в битах) 596 546 596
Процент идентичности 100% 100% 100%

2. Число находок с E-value < 10–10

 2 4 1753

3. "Худшая из удовлетворительных" находка (последняя в выдаче с E-value < 1)

Номер находки в списке описаний 6 5 1760
Accession Q5UPN0.1 1R9L_A YP_470578.1
E-value 0.70 0.003 3e-13
Вес (в битах) 35.0 38.9 76.6
% идентичности 37 25 26
% сходства 46 41 43
Длина выравнивания 44 120 108
Координаты выравнивания (от-до, в запросе и в находке) 158-201/168-211 133-252/98-217 42-149/38-145
Число гэпов 5 22 12

Число явных гомологов (e-value < 1e-10), найденных в банке "nr" значительно больше, чем в банках Swiss-Prot и PDB. Это можно объяснить тем, что неаннотированнных последовательностей гораздо больше, чем аннотированных и гомологов для данного белка среди них тоже больше.
  Поиск по Swiss-Prot

Находка в империи Eukaryota. Eukaryota; Metazoa; Ecdysozoa; Arthropoda; Hexapoda; Insecta; Pterygota; Neoptera; Endopterygota; Diptera; Brachycera; Muscomorpha; Ephydroidea; Drosophilidae; Drosophila; Sophophora (плодовая мушка)
Номер находки в списке описаний 1
Accession Q9VHI4.1
E-value 0.27
Вес (в битах) 32.7
% идентичности 47
% сходства 53
Длина выравнивания 30
Координаты выравнивания 19-48/234-263
Число гэпов 0

Поиск гомолога вел по базе данных SWISS-prot, поиск велся с достаточно низким значением E-value, следовательно при таких процентах идентичности и сходства можно сделать вывод, что гомолог найден правильно. Была попытка найти гомолог еще в 2-ух таксонах, но значения E-value были недопустимыми, чтобы утверждать, что были найдены гомологи.
C помощью BLAST сделано выравнивание моего белка OPUAC_BACSU и его гомолога Q9VHI4.1, описание которого дано выше. Были получены 2 карты локального сходства при E-value 10 и E-value 0.01, которые полностью схожи.

Карта локального сходства при E-value = 10.


Карта локального сходства при E-value = 0.01