Вернуться на страницу семестров

1.Поиск мотивов среди гомологов белка OPUAC_BACSU

Мотив - блок достоверного выравнивания,то есть, по определению тот, который не содержит гэпов. Для поисков блоков совпадений по всей длинне выравнивания применяется программа MEME (Multiple Em for Motif Elicitation) выполняющая, по сути, множественное локальное выравнивание. Характеристики найденных мотивов при помощи программы MEME среди 16 посдедовательностей предпологаемых гомологов белка OPUAC_BACSU и самого белка предоставлены ниже.
Мотив Число последовательностейДлина мотива(Length)E-value LOGO
1 все 16503.2e-390

Мотив Число последовательностейДлина мотива(Length)E-value LOGO
2 все 16418.0e-242

Мотив Число последовательностейДлина мотива(Length)E-value LOGO
3 все 16291.1e-174

2.Сравнение блоков, найденных MEME, c полным выравниванием, выданным программой muscle.

Мотив1 в формате блокс: мотив 1
Мотив2 в формате блокс: мотив 1
Мотив3 в формате блокс: мотив 1
Затем эти файлы были переведены в формат FASTA при помощи программы seqret. Файлы в формате FASTA:мотив 1 мотив 2 мотив 3. Сравнение проводилось при помощи проведения множественного выравнивания Результаты этого доспупны в виде проекта Jalwiev
Рис 1. Сравнение множественного выравнивания гомологов и найденного программой MEME мотива №1

Вывод: из рисунка 1 мы видим, что выравнивание Muscle и Meme прошло очень удачно, так как гэпы отсутствуют в обоих выравниваниях.

Рис 2. Сравнение множественного выравнивания гомологов и найденного программой MEME мотива №2

Вывод: из рисунка 2 мы видим, что выравнивание Muscle и Meme прошло очень неудачно, так как гэпы присутствуют в обоих выравниваниях. Но один парадокс! Выравнивание родоначальной последовательности OPUAC_BACSU в Muscle прошло крайне странно, так как в область выравнивания попали практически полностью гэпы, за исключением одного столбца.

Рис 3. Сравнение множественного выравнивания гомологов и найденного программой MEME мотива №3

Вывод: из рисунка 3 мы видим, что выравнивание Muscle и Meme прошло очень удачно, за исключением того, что последний столбец в выравнивании Muscle содержит гэпы.

3.Поиск найденого мотива в других последовательностях.

Поиск мотивов осуществлялся программой MAST при стандартных настройках.
Поиск проходил среди выравнивания фрагментов белков, соответствующих домену pfam: OpuAC. Файл с выравниваниями в формате MSF. Фаил с выравниванием в формате FASTA (был сконвертирован программой degapseq).


Изображение - запросы в командной строке(сделал скрин для себя)

При помощи программы MAST (Motif Alignment & Search Tool) был осуществлен поиск мотива среди белков домена OpuAC.
В результате работы программы получен html-файл

Выводы: Мотивы нашлись в 73 последовательностях. Из них: 23 содержали все 3 мотива, из этих 23 лишь один содержал 2 третьих, втрой и первый мотивы - Q64R03_BACFR. 5 не содержат ни одного мотива. Все последовательности, за исключением этих 5, содержали 1 мотив. Можно сделать вывод, что выравнивания из Pfam содержит лишь первый мотив, то есть оно соответствует только первому мотиву.