Вернуться на страницу семестров

Доменная структура белка OPUAC_BACSU по данным Pfam

Cхема из Pfam:

Пояснения к схеме
Pfam AC Pfam ID Полное название семейства доменов
Положение в последовательности белка OPUAC_BACSU Клан
1. PF04069 OpuAC Семейство доменов названо по виду белка, свойство которого связывать глицин-бетаин, за счет характерных липидов. 18-172 Клан PBP (CL0177), содержит 23 семейства, у одного неизвестна функция (PFAM ID начинается с DUF): DUF3834, HisG, Lig_chan-Glu_bd, Lipoprotein_8, Lipoprotein_9, LysR_substrate, Mycoplasma_p37, NMT1 NMT1_2, OpuAC, PBP_like, PBP_like_2, Phosphonate-bd, SBP_bac_1, SBP_bac_11, SBP_bac_3, SBP_bac_5, SBP_bac_6, SBP_bac_7, SBP_bac_8, TctC, Transferrin, VitK2_biosynth


Данные о домене OpuAC по данным Pfam

Во сколько разных архитектур входит домен? Данный домен входит в 15 архитектур.
Для какого числа белков, содержащих домен, известна последовательность? Последоваетльность известна для 5220-и белков.
Для какого числа разных белков, содержащих домен, определена пространственная структура (домена или всего белка)? Пространственная структура определена для 55 уникальных белков.
Выравнивание "seed" фрагментов белков, соответствующих домену Доступно для скачивания в формате MSF


Описание встречаемости у различных групп организмов, доменной структуры, состоящей из доменов PF04069(OpuAC) и PF00528(BPD_transp_1)

Таксон
Количество белков с доменом PF00528
Эукариоты Зеленые растения 39
Грибы 0
Животные 0
Остальные эукариоты 12
Археи 179
Бактерии 4647
Вирусы 0

Таксон
Количество белков с доменом PF04069
Эукариоты Зеленые растения 0
Грибы 0
Животные 0
Остальные эукариоты 8
Археи 34
Бактерии 2988
Вирусы 0
Вывод: Мы имеем, на первый взгляд, похожие домены, можно ли предположить об их схожести? Можем, так как: а) распределение доменов по царствам довольно пропорционально, если мы рассчитаем отношение по числу видов, мы получим числа одного порядка. б) Домены представлены относительно избирательно по царствам, поясняю: в обоих доменах господствующее царство - бактерии, отсутствие вирусов, и совсем низкое число видов эукариот. Итак, домены весьма схожи!

Сравнение описания мотивов в разных банках семейств, по данным InterPro

1) Самый короткий мотив – PS51257(PROKAR_LIPOPROTEIN) Он начинается 1-ым аминокислотным остатком и заканчивается 21-ым. Описан в банке PROSITE.
2) Самый длинный мотив – PTHR30177(GLYCINE BETAINE/L-PROLINE TRANSPORT SYSTEM PERMEASE PROTEIN PROW) Он начинается 26-ым аминокислотным остатком и заканчивается 292-ым. Описан в банке PANTHER (довольно новый банк, лично для меня).
3) Интегрирована известная структура белка. Границы структурных доменов не отличаются от границ доменов Pfam.