Вернуться на страницу семестров

1)Особенности аминокислотной последовательности белка OPUAC_BACSU

На рисунке 1 показана схематично изображенная последовательность белка OPUAC_BACSU. Сигнальная последовательность выделена розовым. Повороты выделены фиолетовым. Желтым выделены липиды, характерные для глицин-бетаин связывающих белков.

рис.1 Вторичная структура OPUAC_BACSU


Cигнальная последовательность.
Сигнальной последовательностью называется участок (аминокислотная последовательность), который отвечает за связывание белка с каким-либо ферментом. После связывания сигнальная последовательность обычно удаляется. У белка OPUAC_BACSU сигнальная последовательность кодируется на N-конце с 1 по 20 аминокислотную позицию. Однако существование только возможно. (см рис.2)


Повороты.
В последовательности белка OPUAC_BACSU имеется 4 поворота, участков, за счет которых идут повороты цепей. На рис3. изображен один из таких участков, а именно первый поворот.


Липиды, характерные для глицин бетаин-связывающих белков.
В последовательности белка OPUAC_BACSU присутствуют характерные для глицин бетаин-связывающих белков липиды. В 21 позиции, что интересно, сразу после сигнальной последовательности, возможно находится S-диацилглицерол цистеин.(рис 4)

2)Описание всех записей банка трехмерных структур PDB, относящихся к OPUAC_BACSU

В банке данных PDB находилось 3 записи, относящихся к OPUAC_BACSU (рис.5 отдельным скриншотом предоставлены все 3 записи, для удобства) А также ссылка на их описание (ссылка)


3)Таблица встречаемости белков со схожей функцией белка OPUAC_BACSU


Так как, находок гомологичных белков в банке данных Swissprot мало, мной был использован поиск по банку Uniprot. Были выбраны 10 белков для получения полноразмерных последовательностей и для получения таблицы с информацией о них. Ссылки на которые предоставлены ниже.
Ссылка на файл полноразмерных последовательностей найденных белков в fasta формате
Ссылка на таблицу с информацией о белках