Вернуться на страницу семестров
Геномные браузеры
Задание 1.UCSC
a)Белок Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB homolog 6 был выбран в практикуме 12(online blast).
Найденная информация о гене, кодирующем этот белок:
короткое имя гена: ALKBH6;
полное имя гена: Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB homolog 6;
направление цепи: -;
хромосома: 19;
плечо: q;
полоса: 13.12;
координаты гена в последовательности хромосомы: 36500022-36505141;
число альтернативных продуктов: 1
число экзонов и длина аминокислотной последовательности: 7 экзонов, 238 ao.
b)Ниже предоставлена картинка, на которой: гены USCS и RefSeq (USCS Genes и RefSeq Genes), метилирование ДНК (ENC_DNA_Methylation), консервативность последовательности среди млекопитающих (Conservation), полиморфизмы (Common SNPs).
Задание 2.Ensembl
Было построено выравнивание гена ALKBH6 человека с гомологичным геном шимпанзе. C помощью программы distmat было оценено число различий между этими последовательностями, сохраненные в fasta-формате. Был получен файл chimp.distmat, ссылка на который есть ниже. Согласно этому файлу, на 100 пн приходится 0.94 несовпадений. Было обнаружено 8083 однонуклеотидных полиморфизмов на один ген, длина этого гена 5119 пн. На 100 пн приходистя 16 несовпадений. Если в взять двух людей различных людей, у которых наблюдается максимально возможное несовпадение в этом гене, то для них гены будут различаться больше, чем для шимпанзе и человека.
Ссылка на distmat файл.
