Вернуться на страницу семестров

Комплексы ДНК-белок

     Задание 1, упраженение 1. Вспомнить, как с помощью команды define JMol задавать множества атомов. Структура ДНК-белкового комплекса 1DFM и ссылка на PDB-файл есть в предыдущем практикуме.

•Определите множество атомов кислорода 2'-дезоксирибозы (set1):

•Определите множество атомов кислорода в остатке фосфорной кислоты (set2).:

•Определите множество атомов азота в азотистых основаниях (set3):

Ссылка на подробный скрипт.

     Задание 1, упраженение 2. ДНК-белковые контакты в структуре 1DFM.
Будем считать полярными атомы кислорода и азота, а неполярными ? атомы углерода, фосфора и серы. Назовем полярным контактом ситуацию, в которой расстояние между полярным атомом белка и полярным атомом ДНК меньше 3.5A. Аналогично, неполярным контактом будем считать пару неполярных атомов на расстоянии меньше 4.5A.
Контакты атомов белка с Полярные Неполярные Всего
остатками 2'-дезоксирибозы 7 69 76
остатками фосфорной кислоты 6 32 38
остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки 1 3 4
остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки 6 10 16

     Задание 1, упраженение 3. Получить популярную схему ДНК-белковых контактов с помощью программы nucplot.
С помощью команды:
nucplot 1DFM_old.pdb
была получена получена популярная схема ДНК-белковых контактов. Конвертирована в jpeg-формат и предоставлена ниже:

      Задание 1, упраженение 4. Как видно из схемы, большинство контактов с ДНК имеют следующие аминокислотные остатки: Arg192, Asn140, Arg215. Каждый из этих остатков образует по 2 связи. Это неудивительно, поскольку именно Arg взаимодействует с азотистыми основаниями.

     Задание 2, упраженение 1.Предсказание вторичной структуры тРНК 2CV0 путем поиска инвертированных повторов.
Для начала нужно найти эти инвертированные повторы, через SRS нашел fasta-последовательность 2CV0, и вырезал нуклеотидную последовательность 2СV0-1.fasta, далее:

Получил файл:

     Задание 2, упраженение 2. Предсказание вторичной структуры тРНК по алгоритму Зукера.
Чтобы построить структуру использовал онлайн-версию программы, не без помощи коллег понял, что желательно поставить параметр P=10-15%, поставил на 15%. Получил наиболее близкую структуру РНК 2CV0, которая предоставлена ниже.

 ВЫВОД: Реальная и предсказанная вторичная структура тРНК 2CV0.

Участок структуры Позиции в структуре
(по результатам find_pair)		 Результаты предсказания
с помощью einverted		 Результаты предсказания
по алгоритму Зукера
Акцепторный стебель 5'-1-7-3'
5'-65-71-3'
7 пар 		предсказано 4 пары предсказано 4 пары
D-стебель 5'-8-12-3'
5'-64-60-3'
5 пар		 предсказано 0 пар предсказано 2 пары
T-стебель 5'-22-24-3'
5'-50-48-3'
3 пары		 предсказано 0 пар предсказано 0 пар
Антикодоновый стебель 5'-15-21-3'
5'-57-51-3'
7 пар		 предсказано 0 пар предсказано 3 пары
Общее число канонических пар нуклеотидов 21 4 9