Вернуться на страницу семестров

Классификация ферментов (EC)

     Задание 1. Сбор информации о своем ферменте.

   Поскольку я номер 1, мне досталсся P42765 - идентификатор UniProt человеческого фермента. Необходимо определить его EC-код, а также расшифровать и перевести на русский его свойства. Всю информацию можно увидеть ниже.

Найденный фермент - 3-кетоацил-КоА тиолаза, с EC-кодом EC=2.3.1.16. Также известна, как митохондриальная 3-оксиацил-КоА тиолаза. В базе IUBMB называется Аcetyl-CoA C-acyltransferase (Ацетил-СоА С-ацилтрансферазой)

Номера Названия классов Что означает
2 Transferases Трансферазы
2.3 Acyltransferases Ацилтрансферазы
2.3.1 Transferring groups other than amino-acyl groups Перенос групп, за исключением амино-ацилированных групп
2.3.1.16 Acetyl-CoA C-acyltransferase Ацетил-СоА Ц-ацилтрансферазы

Схема реакции, катализируемой Аcetyl-CoA Ц-acyltransferase:

acyl-CoA + acetyl-CoA = CoA + 3-oxoacyl-CoA

     Задание 2. Сколько ферментов человека с близкими функциями описано в Swiss-Prot? Определить при помощи SRS

• 2.* - 11314 находок
• 2.3.* - 183 находки
• 2.3.1.* - 133 находки
• 2.3.1.16 - 3 находки

     Задание 3. Насколько сохраняется функция фермента у белков со сходными последовательностями?

С помощью UniProt получил все белки мыши (Mus musculus) из Swiss-Prot, у которых класс (т.е., первое число) классификации EC совпадает с таковым моего фермента.

• (ec:2.* AND organism:"Mus musculus* ]") AND reviewed:yes - 1398 находок
• (ec:2.3.* AND organism:"Mus musculus* ]") AND reviewed:yes - 181 находка
• (ec:2.3.1.* AND organism:"Mus musculus* ]") AND reviewed:yes - 161 находка
• (ec:2.3.1.16 AND organism:"Mus musculus* ]") AND reviewed:yes - 4 находки

Ссылка на все последовательности мышиных белков с классом 2 (трансферазы)
Ссылка на текстовую таблицу, в которой против ID каждого белка указан его полный EC-код

Далее программой 4everAlong Blast нашел гомологов своего белка P42765 среди всей кучи последовательностей, что выше. Алгоритм blastp предоставлен в практикуме "Реконструкция деревьев по нуклеотидным последовательностям. Деревья, содержащие паралоги"; были вбиты теже команды, но только по-другому названные файлы. E-value было выставлено равным 10, 1, и 0.001, для подтверждения все 3 файла предоставлены ниже.

• Ссылка на полученный blastp-файл с E-value = 0.001
• Ссылка на полученный blastp-файл с E-value = 1
• Ссылка на полученный blastp-файл с E-value = 10
При e-value 0.001 и 1 найдено 7 белков, при e-value 10 найдено 9 белков, выше ставить, естественно, нет смысла.

Белок ЕС-код E-value
Q8BWT1 (THIM_MOUSE) 2.3.1.16 0.0
Q8CAY6 (THIC_MOUSE) 2.3.1.9 1e-94
Q8VCH0 (THIKB_MOUSE) 2.3.1.16 3e-76
Q921H8 (THIKA_MOUSE) 2.3.1.16 3e-75
Q8QZT1 (THIL_MOUSE) 2.3.1.9 3e-74
Q99JY0 (ECHB_MOUSE) 2.3.1.16 4e-60
P32020 (NLTP_MOUSE) 2.3.1.176 5e-12
A2ASS6 (TITIN_MOUSE) 2.7.11.1 0.20
Q62388 (ATM_MOUSE) 2.7.11.1 5.7

Достоверные гомологи были получены при e-value 1 и меньше, красным веделены белки, добавленные при e-value 10, как видно, они из другого подкласса