Вернуться на страницу семестров

Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG)

     Задание 1. Определите, в каких метаболических путях участвует ваш фермент

Ссылка на идентификатор KEGG гена, найденного по SwissProt-файлу (DR KEGG; hsa:10449; -.)

*hsa - означает организм Homo sapiens. Ниже описаны метаболические пути, ассоциированные с геном.

KEGG ID Оригинальное название Перевод
hsa00062 Fatty acid elongation Элонгация жирных кислот
hsa00071 Fatty acid degradation Деградация жирных кислот
hsa00280 Valine, leucine and isoleucine degradation Деградация валина, лейцина и изолейцина
hsa01100 Metabolic pathways Метаболический путь
hsa01212 Fatty acid metabolism Метаболизм жирных кислот

Ниже преведена карта первого из найденных метаболических путей (Fatty acid elongation)

     Задание 2. Описание заданных соединений. С помощью KEGG Ligand были найдены идентификаторы и структурные формулы соединений.

Идентификатор Названиe на русском Названиe на английском Структурная формула
C00122 фумарат fumarate
C00417 цис-аконитат cis-аconitate

     Задание 3. Метаболический путь от одного заданного вещества к другому. С главной страницы KEGG пройдите по гиперссылке "KEGG PATHWAY". Найдите гиперссылку "Search&Color Pathway" и проследуйте по ней.

Выбранная цепочка ферментативных реакций
Карта: Фиксация углерода в прокариотах.
Путь: Fumarate (green)* <-> Succinate (yellow) -> Succinyl-CoA (yellow) -> 2-Oxoglutarate (yellow) -> Isocitrate (yellow) -> cis-Aconitate (red)*

* к сожалению, поздно понял, что раскраска была произведена не по заданию, здесь: начальное - зеленым, конечное - красным.

Fumarate Succinate Succinyl-CoA 2-Oxoglutarate Isocitrate cis-Aconitate

     Задание 4. Мнение о KEGG

   Зашел на главную страницу KEGG, выбрал KEGG Atlas, здесь описаны различные метаболические атласы различных организмов. Ради интереса выбрал полный атлас всех метаболических путей E.coli. Поскольку японцы довольно практичные, атлас всех путей можно сравнить с картой Токийского метро, все циклы, пути и прочее на одном изображении, потрясающе! Представил ниже.