C данным укоренением я не согласен, и считаю его неверным. И, хотя дерево топологически правильное и не появились новые ветви, укоренение произошло на уровне порядков, а не классов, видно что порядок Lactobacillales отделился. 
Как можно заметить, полученное дерево отличается от правильного, все листья одинаково отдалены от корня, посколько метод максимальной экономии не может подсчитать расстояние между листьями и корнем. Однако топологически дерево является правильным, поскольку новых ветвей не появилось. Наблюдения: представители семейства Streptococcaceae отделились от остальных бактерий. С одной стороны дерево неправильное, но с другой, как было замечено еще в 4 задании 2 практикума, данное дерево соответствует дереву, полученному алгоритмом Average distance using % identity. Таким образом можно предположить, что эволюция семейства Streptococcaceae происходит все же быстрее, чем целого класса Clostridia.
Вывод, так сказать обобщающий практикумы 2 и 3: построение филогенетических деревьев по одному белку дает достаточно противоречивые данные. Такие же построения с использованием внешней группы методом максимальной экономии и программой RETRE дают топологически правильные деревья без появления новых, нетривиальных ветвей, однако укоренения в обоих случаях происходит на более низких таксономических рангах, чем хотелось бы. 
"Bootstrap consensus tree", метод Neighbour Joining
Далее укоренил дерево по классу Clostridia, получилось дерево, полностью совпадающее с правильным, изображено ниже.
Микровывод: полученные деревья "Original tree" и "Bootstrap consensus tree" не отличаются. Также замечено, что в предыдущем практикуме метод "Neighbour Joining" дал не вовсем верные деревья, а построенные тем же методом, но с бутстрэп-анализом филогении деревья дают правильное построение. Как видно, подтвердился тот факт, что семейство Streptococcaceae эволюционирует быстрее.