Вернуться на страницу семестров
D4 (построение поверхности, раскраска участка поверхности: pymol)
Задание 1. Для комплекса димера пуринового репрессора с ДНК (PDB код 1BDH) создать изображения: а) поверхности контакта мономера белка с симметричным мономером на фоне остовной (ribbon) модели мономера; б) поверхности контакта димера белков с двойной спиралью ДНК на фоне остовной модели части белка, вовлечённой в контакт; в) поверхности контакта ДНК с димером белков на фоне проволочной (sticks) модели двойной спирали.
✧ Головной болью этого практикума стало не столько построение поверхностей, сколько работа по преобразованию PDB-файлов. На рисунке 1 представлен димер пуринового репрессора с ДНК, полученный из мономера командой -> (symexp sym, 1bdh, 1bdh, 4), удалил лишние "детали", оставил димер (возможно был и другой способ, но я его не знаю). Далее на рисунках 2-4 представил изображения поверхностей, как просят в задании. Команды не стал прикреплять принципиально, поскольку не хочу, чтоб кто-то скатал. В моей папке на кодомо есть черновик с командами, если надо будет продемонстрировать, то без проблем. Все изображения кликабельны.
Рисунок 1. Димер пуринового репрессора в комплексе с ДНК (PDB код 1BDH), полученный командой symexp sym для мономера.
Рисунок 2. Поверхность контакта мономера белка с симметричным мономером на фоне остовной (ribbon) модели
Рисунок 3. Поверхность контакта димера белка с двойной спиралью ДНК на фоне остовной модели части белка, вовлечённой в контакт
Рисунок 4.а. Поверхность контакта ДНК с димером белка на фоне проволочной (sticks) модели двойной спирали.
Рисунок 4.б. Поверхность контакта ДНК с димером белка на фоне проволочной (sticks) модели двойной спирали. (с другого ракурса)
✧ Вывод к заданию 1: узнал, как надо строить поверхность в PyMol (show surface, <множество, выбранное ранее>).
Задание 2. Пользуясь сервисом CluD, определить гидрофобные кластеры объёмом не менее 10 атомов на интерфейсе мономеров белка в том же комплексе. Создать то же изображение, что в задании 1, на котором поверхность, относящаяся к атомам, входящим в найденные гидрофобные кластеры, выделена цветом.
✧ Командой (save 1BDH_1.pdb) сделал новый файл, в котором уже не мономер, а димер, представленных в двух состояниях. Далее, уже знакомым сервером CluD, построил гидрофобные кластеры (рисунки 5а и 5б), которых оказалось 12 для мономера. В контакте между мономерами вовлечены следующие кластеры: core7 (золотой), core19 (бордовый), core10 (красный). Из файла выдачи CluD получен файл, из которого в PyMol была восстановлена поверхность, изображенная на рисунке 6.
✧ Также получил 2 текстовых файла (выдача CluD):.
выдача CluD
выдача CluD (скрипт)
Рисунок 5.a. Гидрофобные кластеры, найденные CluD для мономера белка.
Рисунок 5.б. Гидрофобные кластеры, найденные CluD для мономера белка (вид с другого ракурса)
Рисунок 6. Поверхность, описывающая атомы одного из гидрофобных кластеров, вовлеченных в контакт между мономерами белка. Кластер - core7 (на рисунке 5 выделен золотым)
✧ Вывод к заданию 2: научился преобразовывать PDB-файл так, как мне нужно, а именно, из мономера делать димер. Показал гидрофобные кластеры размером не менее 10 атомов, а также показал поверхность, описываемую этими кластерами.
