Вернуться на страницу семестров

D5 (cравнение доменов SCOP/SCOPe, ECOD, CATH и Pfam)

Задание 1. Для ГТФ-связывающего белка Obg c PDB-кодом 1LNZ найти границы доменов согласно различным классификациям

Использованная мной ранее ГТФаза RhebL1 содержит только один домен. Поэтому взял новый белок, а именно ГТФ-связывающий белок Obg с PDB-кодом 1LNZ.

Использованные базы данных:
SCOPe
CATH
Pfam
ECOD

Рисунок 1. Домены Pfam белка Obg. Домен GTP1_OBG (зеленый), домен MMR_HSR1 (красный), и домен DUF1967 (фиолетовый)

Домен	ID домена (по Pfam)	Координаты	В какой цепи	Описание домена
GTP1_OBG	PF01018	2-157	A, B	N-концевой домен, создающий OBG-фолд, сформированный тремя богатыми глицинами регионами, которые образуют коллаген-подобные левозакрученные спирали, соединенные водородными связями
MMR_HSR1	PF01926	160-283	A, B	50S ribosome-binding GTPase
DUF1967	PF09269	358-426	A, B	Члены этого семейства содержат бэта-лист, состоящий из 4 тяжей, а также 3 альфа-спирали, фланкирующие этот лист. Этот домен обнаружен у GTP-связывающих белков, однако до сих пор остается неохарактеризованным функционально доменом

Рисунок 2 (кликабельно). Домены Pfam белка Obg. Информация, выданная JMol: домен GTP1_OBG (зеленый), домен MMR_HSR1 (красный), не найденные Pham регионы (серым)

ECOD, для каждой цепи, нашел по 2 домена. Для цепи А: e1lnzA1 (1-157) и e1lnzA2 (158-324). И такие же домены для для второй цепи. Однако, следует заметить, что белок, судя по ECOD, имеет обрезанный на 5 а.о. 50S-связывающий домен в цепи B. A:158-342 против B:158-337. Я посчитал это, как минимум, странным. Посмотрим, что скажут остальные серверы

Рисунок 3 (кликабельно). Выдача ECOD для белка Obg.

Как видно из рисунка 4, SCOP, для цепи А и В, одинаково выделил первый домен (region a:1-157 и region b:1-157); а вот границы второго домена предсказаны также, как в ECOD: для цепи А второй домен на 5 а.о. длинее (region a:158-342 против region b:158-337)

Рисунок 4 (кликабельно). Выдача SCOP для белка Obg.

CATH выдал 4 домена. Картинку получить удалось, а все остальное на сайте сломано, чтобы найти границы доменов пришлось смотреть в файле P:\y12\term7\CathDomainDescriptionFile.v4.0.0.

Домен 1lnzA01 (2;157)
Домен 1lnzA02 (2;157)
Домен 1lnzB01 (158;342)
Домен 1lnzB02 (158;337)

Рисунок 5. Выдача CATH для белка Obg.

Общий вывод: видно, что границы доменов получились неодинаковые. Самая грубая разметка у Pfam, так как, для второго домена - MMR_HSR1 в разных цепях длины отличается, что подтвердили CATH, SCOP и ECOD. Все эти 3 программы одинаково предсказали границы второго домена - MMR_HSR1. Что касается первого домена - GTP1_OBG: Pfam и СATH показали одинаковые границы (2-157), SCOP показал (1-157), а ECOD (1-158). В целом, разница получилась небольшая. Также в разметке Pfam присутствует третий домен (DUF1967), который еще толком не охарактеризован, ни одна из баз данных не смогла его предсказать.