Вернуться на страницу семестров
Файл структурных факторов
Задание 1. Изучить файл структурных факторов ГТФазы RhebL1 с PDB-кодом 3OES
Файл структурных факторов в формате mmCIF (текстовый)
Файл структурных факторов в формате xlsx (Excel)
Одна строка - один измеренный структурный фактор; в ней обязательно есть следующие данные:
_refln.index_h - целое число h
_refln.index_k - целое число k
_refln.index_l- целое число l
_refln.F_meas_au - F (среднее значение измерений структурного фактора)
_refln.F_meas_sigma_au - F_sigma (ср. кв. отклонение от среднего)
_refln.status - использован ли структурный фактор для оптимизации модели (значения o,x,f)
_refln.F_calc - структурный фактор, рассчитанный по модели
_refln.phase_calc - фаза, рассчитанная по модели
Рисунок 1. Информация из файла в формате mmCIF.
Из рисунка 1, видно, что всего в файле находится 8810 померенных структурных факторов (_reflns.number_obs 8810), это же число совпадает со всеми структурными факторами (_reflns.number_all 8810). Для оптимизации же было использовано 8391 структурных факторов (было найдено из Excel-файла, колонка _refln.status, значение "о" говорит о том, что фактор был использован в оптимизации). 419 структурных факторов было использовано в качестве R-free (было найдено из Excel-файла, колонка _refln.status, значение "f"), более того, 419 - это 5% от 8391.
Неизмеренные структурные факторы соответствуют явно пропущенным тройкам чисел (h,k, l). Явно пропущенные - это такие, что (1) их нет в файле; (2) хотя бы одна тройка (h',k', l') с h'>=h, k'>=k, l'>=l присутствует в файле. Неизмеренные, явно пропущенные факторы имееют в колонке _refln.status, значение "х", в моем случае таковых не было.
