Практикум 7: UniProt
Бифункциональный белок биосинтеза лизил-фосфатидилглицерина штамма бактерии Gordonia bronchialis DSM 43247Б
Выбор белка
В процессе отбора белков был использован запрос "Gordonia bronchialis DSM 43247" в системе UniProt, который привел к обнаружению 4634 находок, что незначительно меньше (на 7 белков), чем если не указывать конкретный штамм.
- Запрос без указания штамма: (organism_name:"Gordonia bronchialis")
- Запрос с конкретизацией штамма: (taxonomy_id:526226)
- Среди всех найденных белков был выбран Lysylphosphatidylglycerol biosynthesis bifunctional protein LysX по двум причинам:
- высокая оценка аннотации - 4 из 5 (максимальная из возможных)
- белок (единственный из 16 с оценкой 4) был аннотирован вручную и проверен кураторами UniProtKB, что подтверждает достоверность данных
Информация о белке
Белок LysX катализирует синтз L-лизил-tRNA (Lys) трансферазы и переносит лизильную группу с L-лизил-tRNA (Lys) на фосфатидилглицерол (PG), образуя лизил-фосфатидилглицерол (LPG). Этот компонент бактериальной мембраны с положительным зарядом способствует устойчивости к катионным антимикробным пептидам (CAMPs) и защищает M. Tuberculosis от CAMPs, вырабатываемых конкурирующими микроорганизмами.
| Database | Swiss-Prot |
|---|---|
| ID | LYSX_GORB4 LYSX_GORB4 |
| AC | D0LB45 |
| Version | 83 |
| Name | Lysylphosphatidylglycerol biosynthesis bifunctional protein LysX |
| TaxID | 526226 |
| INSDC | CP001802 |
| Length | 1138 |
| MW | 125686 |
Кластеры похожих белков
Размеры кластеров UniRef, к которым относится данный белок, подтверждают его широкое распространение среди организмов. Однако его последовательность не является консервативной, что отражается в различных размерах кластеров: большой размер кластера UniRef50 (158) и небольшие размеры кластеров UniRef90 (3) и UniRef100 (1).
Поисковые запросы
Вбила в поиск название белка, потом решила отобрать белки с лучшей оценкой аннотации (5/5). Таких белка 2 из 173 запросов: 2 изоформы белка бактерии Mycobacterium tuberculosis. Мой белок, судя по аннотации, был выведен из гомологии, соответственно, скорее всего, эти две формы – те самые белки, на которых основывалось выведение моего белка.
- Запрос: (taxonomy_id:526226) и в боковом меню в "Annotation score" было выбрано "5"
Решила посмотреть у каких еще таксонов встречаются вариации этого белка. Вбила в поиск название белка и уточнила, что поиск должен идти среди любых таксонов, кроме Mycobacteriales. Поиск выдал 87 результатов, среди которых в основном Streptomyces, Bifidobacterium, Rothia (для удобства сделала фильтр по организам). Это бактерии, относящиеся к типу Actinobacteria и одноименному классу Actinobacteria.
- Запрос: (protein_name:"Lysylphosphatidylglycerol biosynthesis bifunctional protein LysX") NOT (taxonomy_id:85007)
Стало интересно синтезируется ли другими генами (кроме LysX) Lysylphosphatidylglycerol biosynthesis bifunctional protein у Gordonia bronchialis DSM 43247. Ответ: нет. В поисковике указала название белка, уточнила организм и указала необходимость отсутствия гена LysX.
- Запрос: (protein_name:"Lysylphosphatidylglycerol biosynthesis bifunctional protein LysX") NOT (gene:LysX) AND (taxonomy_id:526226)
В других организмах этот белок может синтезироваться с таких вариаций генов как: SRB, STRAU, UFORK, LysS. Поиск шел по запросу: название белка и требование исключить варианты с геном LysX. Находок было 39.
- Запрос: (protein_name:"Lysylphosphatidylglycerol biosynthesis bifunctional protein LysX") NOT (gene:LysX)