Пракикум 1: Филогенетические деревья

Отчёт по практикуму 1 четвёртого семестра

Отобранные животные, их таксономия и мнемоники

Мой выбор пал на Cetartiodactyla (ну, или Artiodactyla в современном смысле). Группа разнообразная, эволюционно навороченная — тут и жирафы, и кашалоты. Есть где развернуться

Таблица 1. Животные, мнемоники, таксономия
Вид Таксономия Мнемоника
Orcinus orca (косатка) Eukaryota; Opisthokonta; Metazoa; Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Laurasiatheria; Artiodactyla; Whippomorpha; Cetacea; Odontoceti; Delphinidae; Orcinus ORCOR
Pseudorca crassidens (ложная косатка) Eukaryota; Opisthokonta; Metazoa; Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Laurasiatheria; Artiodactyla; Whippomorpha; Cetacea; Odontoceti; Delphinidae; Pseudorca PSECS
Tragulus napu (большой оленёк) Eukaryota; Opisthokonta; Metazoa; Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Laurasiatheria; Artiodactyla; Ruminantia; Tragulina; Tragulidae; Tragulus TRANA
Balaenoptera musculus (cиний кит) Eukaryota; Opisthokonta; Metazoa; Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Laurasiatheria; Artiodactyla; Whippomorpha; Cetacea; Mysticeti; Balaenopteridae; Balaenoptera BALMU
Megaptera novaeangliae (горбатый кит) Eukaryota; Opisthokonta; Metazoa; Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Laurasiatheria; Artiodactyla; Whippomorpha; Cetacea; Mysticeti; Balaenopteridae; Megaptera MEGNO
Moschus moschiferus (кабарга) Eukaryota; Opisthokonta; Metazoa; Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Laurasiatheria; Artiodactyla; Ruminantia; Pecora; Moschidae; Moschus MOSMO
Ziphius cavirostris (клюворыл) Eukaryota; Opisthokonta; Metazoa; Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Laurasiatheria; Artiodactyla; Whippomorpha; Cetacea; Odontoceti; Ziphiidae; Ziphius ZIPCA
Hippopotamus amphibius (обыкновенный бегемот) Eukaryota; Opisthokonta; Metazoa; Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Laurasiatheria; Artiodactyla; Whippomorpha; Ancodonta; Hippopotamidae; Hippopotamus HIPAM
Balaena mysticetus (гренландский кит) Eukaryota; Opisthokonta; Metazoa; Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Laurasiatheria; Artiodactyla; Whippomorpha; Cetacea; Mysticeti; Balaenidae; Balaena BALMY
Eubalaena glacialis (южный гладкий кит) Eukaryota; Opisthokonta; Metazoa; Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Laurasiatheria; Artiodactyla; Whippomorpha; Cetacea; Mysticeti; Balaenidae; Eubalaena EUBGL
Hexaprotodon liberiensis (карликовый бегемот) Eukaryota; Opisthokonta; Metazoa; Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Laurasiatheria; Artiodactyla; Whippomorpha; Ancodonta; Hippopotamidae; Hexaprotodon HEXLI
Hyperoodon ampullatus (бутылконос) Eukaryota; Opisthokonta; Metazoa; Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Laurasiatheria; Artiodactyla; Whippomorpha; Cetacea; Odontoceti; Ziphiidae; Hyperoodon HYPAP
Giraffa camelopardalis (жираф) Eukaryota; Opisthokonta; Metazoa; Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Laurasiatheria; Artiodactyla; Ruminantia; Pecora; Giraffidae; Giraffa GIRCA
Okapia johnstoni (окапи) Eukaryota; Opisthokonta; Metazoa; Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Laurasiatheria; Artiodactyla; Ruminantia; Pecora; Giraffidae; Okapia OKAJO

Скобочная формула дерева в формате Newick

((((GIRCA,OKAJO),(MOSMO)),((TRANA))),(((HEXLI,HIPAM)),(((BALMY,EUBGL),(BALMU,MEGNO)),((ORCOR,PSECS),(HYPAP,ZIPCA)))));

Изображение дерева

Рис. 1. Дерево для выбранных животных, отражающее таксономию.
Примечание: GIRCA — жираф, OKAJO — окапи, MOSMO — кабарга, TRANA — большой оленёк, HEXLI — карликовый бегемот, HIPAM — обыкновенный бегемот, BALMY — гренландский кит, EUBGL — южный гладкий кит, BALMU — синий кит, MEGNO — горбатый кит, ORCOR — косатка, PSECS — ложная косатка, HYPAP — бутылконос, ZIPCA — клюворыл.

Placeholder

Практикум 2

Алгоритмы филогенетической реконструкции

Тык

Placeholder

Практикум 3

Алгоритмы (окончание). Укоренение. Сравнение деревьев. Бутстрэп

Тык

Placeholder

Практикум 4

Семинар по практическим аспектам реконструкции филогении

Тык