матрицы переходов
глобальное выравнивание
MPIQ и MFLIN -кусок из mutl_ecoliи его изменение
совпадение=2 замена=-1 делеция=-2
S1: M-PIQ S2: MFLINвес оптимального пути=0локальное выравнивание
MPIQVLPPQ и PIPPQ -кусок из mutl_ecoliи его изменение
совпадение=2 замена=-1 делеция=-2
голубоц цвет-оптимальный путь
сиреневый цвет-субтимальный путь
S1: MPIQV S2: IPPQ- вес оптимального пути =6 S1: LPPQ S2: IPPQ вес субтимального пути =1
влияние параметров на глобальное выравнивание
параметры выравнивания
1 случай
1 последовательность: afez 2 последовательность: MUTL_ECOLI Matrix: EBLOSUM62 Gap_penalty(штраф за открытие делеции): 10.0 Extend_penalty(штраф за продолжение делеции): 1.02 случай
1 последовательность: afez 2 последовательность: MUTL_ECOLI Matrix: EBLOSUM62 Gap_penalty(штраф за открытие делеции): 1.0 Extend_penalty(штраф за продолжение делеции): 1.0-
сами выравнивания
1 случай
afez 1 MPIQVLPPQLANFQSDAQHVTIR 23 |||||||||||| |..|..|..| MUTL_ECOLI 1 MPIQVLPPQLAN-QIAAGEVVERPASVVKELVENSLDAGATRIDIDIERG 49afez 24 23 MUTL_ECOLI 50 GAKLIRIRDNGCGIKKDELALALARHATSKIASLDDLEAIISLGFRGEAL 99 afez 24 23 MUTL_ECOLI 100 ASISSVSRLTLTSRTAEQQEAWQAYAEGRDMNVTVKPAAHPVGTTLEVLD 149 afez 24 23 MUTL_ECOLI 150 LFYNTPARRKFLRTEKTEFNHIDEIIRRIALARFDVTINLSHNGKIVRQY 199 afez 24 23 MUTL_ECOLI 200 RAVPEGGQKERRLGAICGTAFLEQALAIEWQHGDLTLRGWVADPNHTTPA 249 afez 24 23 MUTL_ECOLI 250 LAEIQYCYVNGRMMRDRLINHAIRQACEDKLGADQQPAFVLYLEIDPHQV 299 afez 24 23 MUTL_ECOLI 300 DVNVHPAKHEVRFHQSRLVHDFIYQGVLSVLQQQLETPLPLDDEPQPAPR 349 afez 24 23 MUTL_ECOLI 350 SIPENRVAAGRNHFAEPAAREPVAPRYTPAPASGSRPAAPWPNAQPGYQK 399 afez 24 23 MUTL_ECOLI 400 QQGEVYRQLLQTPAPMQKLKAPEPQEPALAANSQSFGRVLTIVHSDCALL 449 afez 24 23 MUTL_ECOLI 450 ERDGNISLLSLPVAERWLRQAQLTPGEAPVCAQPLLIPLRLKVSAEEKSA 499 afez 24 23 MUTL_ECOLI 500 LEKAQSALAELGIDFQSDAQHVTIRAVPLPLRQQNLQILIPELIGYLAKQ 549 afez 24 23 MUTL_ECOLI 550 SVFEPGNIAQWIARNLMSEHAQWSMAQAITLLADVERLCPQLVKTPPGGL 599 afez 24 23 MUTL_ECOLI 600 LQSVDLHPAIKALKDE 6152 случай
afez 1 MPIQVLPPQLANFQ-SDA-QHVTI-R 23 |||||||||||| | : | : | : | MUTL_ECOLI 1 MPIQVLPPQLAN-QIA-AGE-V-VERPASVVKELVENSLDAGATRIDIDI 46afez 24 23 MUTL_ECOLI 47 ERGGAKLIRIRDNGCGIKKDELALALARHATSKIASLDDLEAIISLGFRG 96 afez 24 23 MUTL_ECOLI 97 EALASISSVSRLTLTSRTAEQQEAWQAYAEGRDMNVTVKPAAHPVGTTLE 146 afez 24 23 MUTL_ECOLI 147 VLDLFYNTPARRKFLRTEKTEFNHIDEIIRRIALARFDVTINLSHNGKIV 196 afez 24 23 MUTL_ECOLI 197 RQYRAVPEGGQKERRLGAICGTAFLEQALAIEWQHGDLTLRGWVADPNHT 246 afez 24 23 MUTL_ECOLI 247 TPALAEIQYCYVNGRMMRDRLINHAIRQACEDKLGADQQPAFVLYLEIDP 296 afez 24 23 MUTL_ECOLI 297 HQVDVNVHPAKHEVRFHQSRLVHDFIYQGVLSVLQQQLETPLPLDDEPQP 346 afez 24 23 MUTL_ECOLI 347 APRSIPENRVAAGRNHFAEPAAREPVAPRYTPAPASGSRPAAPWPNAQPG 396 afez 24 23 MUTL_ECOLI 397 YQKQQGEVYRQLLQTPAPMQKLKAPEPQEPALAANSQSFGRVLTIVHSDC 446 afez 24 23 MUTL_ECOLI 447 ALLERDGNISLLSLPVAERWLRQAQLTPGEAPVCAQPLLIPLRLKVSAEE 496 afez 24 23 MUTL_ECOLI 497 KSALEKAQSALAELGIDFQSDAQHVTIRAVPLPLRQQNLQILIPELIGYL 546 afez 24 23 MUTL_ECOLI 547 AKQSVFEPGNIAQWIARNLMSEHAQWSMAQAITLLADVERLCPQLVKTPP 596 afez 24 23 MUTL_ECOLI 597 GGLLQSVDLHPAIKALKDE 615результаты выравнивания
1 случай
Length: 616 Identity: 16/616 ( 2.6%) Similarity: 16/616 ( 2.6%) Gaps: 594/616 (96.4%) Score: 61.02 случай
Length: 619 Identity: 16/619 ( 2.6%) Similarity: 19/619 ( 3.1%) Gaps: 600/619 (96.9%) Score: 79.0выводы
Видно, что во 2-м случае гэпов заметно больше. Это связано с маленьким штрафом за открытие делеции.