Практикум 12

Семейство белковых доменов Laminin EGF

Ламинины - это семейство гликопротеинов, входящих во внеклеточный матрикс всех животных. Они являются основными составляющими базальной мембраны, а именно базальной пластинки. Ламинины жизненно важны для биологической активности, влияя на дифференцировку, миграцию и адгезию клеток.

Таблица 1. Информация о семействе.
Раздел Информация
AC pfam PF00053
ID pfam Laminin_EGF
#SEED 72
#All 52000
#SW 102
#architectures 9000
#3D 30
Taxonomy
#eukaryota 51491
#archaea 1
#bacteria 45
img1
Рисунок 1. Структура семейства Laminin EGF на примере белка аргина.

Карта локального сходства двух белков

Таблица 2. Информация об архитектурах.
Про архитектуры Информация
Доменная архитектура 1 PF00055 - PF00053 - PF24973 - PF00053
Белок с архитектурой 1 Q4RFZ0
Доменная архитектура 2 PF00055 - PF24973 - PF24973 - PF00053 - PF01759
Белок с архитектурой 2 O42203
img1
Рисунок 2. Архитектура Q4RFZ0.
img1
Рисунок 3. Архитектра O42203.
img1
Рисунок 4. Карта локального сходства.

По карте локального сходства белков можно предположить наличие делеции, которую можно подтвердить информацией о доменных архитектурах (рисунок 2 и 3). Доменная архитектура PF00053 у белков совпадает на промежутке 414-445.