Для анализа данного основания была выбрана экспериментальная В-форма ДНК. С помощью MarvinSketch было получено и раскрашено изображение аденина. Красным цветом выделены атомы, смотрящие в сторону большой бороздки, а синим - в сторону малой.
В сторону большой бороздки обращены атомы: C5, C6, N6, N7.
В сторону малой бороздки обращены атомы: C2, C4, N3, N9.
| А-форма | B-форма | Z-форма | |
|---|---|---|---|
| Тип спирали | правая | правая | левая |
| Шаг спирали (Å) | 28.0 | 33.8 | 37.8 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки | 17.0 (A:A14-B:A30) | 17.9 (A:C12-B:G25) | 18.6 (A:G5-B:C14) |
| Ширина малой бороздки | 8.0 (A:G5-B:A30) | 11.7 (A:C12-B:G33) | 7.2 (A:G5-B:G19) |
С помощью пакета 3DNA был проанализирована тРНК 1EHZ.
Стебли тРНК: 1-7, 49-53, 40-43, 10-13
Неканонические пары: A - G, U - U, G - U
Дополнительные водородные связи, стабилизирующие третичную структуру тРНК:
(0.018) ....>A:...4_:[..G]G-*---U[..U]:..69_:A<.... (0.015) |
(0.010) ....>A:..54_:[5MU]t-**--a[1MA]:..58_:A<.... (0.012) |
(0.024) ....>A:..55_:[PSU]P-**+-G[..G]:..18_:A<.... (0.028) x
(0.015) ....>A:..36_:[..A]A-**--U[..U]:..33_:A<.... (0.014) |
(0.008) ....>A:..38_:[..A]A-**--c[OMC]:..32_:A<.... (0.008) |
(0.004) ....>A:..39_:[PSU]P-**--A[..A]:..31_:A<.... (0.007) |
(0.015) ....>A:..44_:[..A]A-**--g[M2G]:..26_:A<.... (0.013) |
(0.025) ....>A:..14_:[..A]A-**--U[..U]:...8_:A<.... (0.016) |
(0.021) ....>A:..15_:[..G]G-**+-C[..C]:..48_:A<.... (0.015) |
(0.188) ....>A:..16_:[H2U]u-**+-U[..U]:..59_:A<.... (0.029) x
(0.026) ....>A:..19_:[..G]G-----C[..C]:..56_:A<.... (0.014) +