Долина, pr34

Практикум 4

Предсказание вторичной структуры заданной тРНК

Рисунок 1. Предсказание вторичной структуры тРНК с помощью алгоритма Зукера.

Таблица 1. Сравнение.

	По результатам find_pair	Результаты предсказания с помощью einverted	Результаты предсказания по алгоритму Зукера
Акцепторный стебель	1-7 (72-66)		1-7 (72-66)
D-стебель	10-13 (25-22)	22-31 (48-39)	12-17 (35-30)
T-стебель	49-53 (65-61)	49-53 (65-61)	53-55 (63-65)
Антикодоновый стебель	40-44 (30-26)
Общее число канонических пар нуклеотидов	30		20

Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре

Упр. 1

Pymol скрипт

Рисунок 3. Только ДНК в проволочной модели

Рисунок 4. Множество атомов кислорода 2'-дезоксирибозы

Рисунок 5. Множество атомов кислорода в остатке фосфорной кислоты

Рисунок 6. Множество атомов азота в азотистых основаниях

Упр. 2

С помощью Pymol были найдены и посчитаны ДНК-белковые контакты, на основе следующих множеств:

Множество атомов кислорода 2'-дезоксирибозы (set1);
Множество атомов кислорода в остатке фосфорной кислоты (set2);
Множество атомов азота в азотистых основаниях (set3).

Pymol скрипт

Таблица 2. Связи в структуре.

Контакты атомов белка с	Полярные	Неполярные	Всего
остатками 2'-дезоксирибозы	43	149	192
остатками фосфорной кислоты	37	123	160
остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки	6	33	39
остатки азотистых оснований со стороны малой бороздки	0	0	0

Упр. 3

Рисунок 7. Схема ДНК-белковых контактов с помощью программы nucplot

Упр. 4

Рисунок 8. Связи asp25 с фофором 13 аденином

В качестве аминокислотного остатка с наибольшим числом указанных на схеме контактов с ДНК был выбран asp25 с 13 аденином.

Рисунок 9. Связи trp36 с фофором 7 цитозином

В качестве наиболее важного для распознания последовательности ДНК был выбран аминокислотный остаток trp36, так как он связывается с самим азотистым основанием.