Нахождение в гене эукариота гена, кодирующего дельта-субъединицу АТФ-синтетазы
Найденная АТФ-синтетаза - NP_001093091.1
Рисунок 1. Окрестность гена с ID:100101165, кодирующего δ-субъединицу АТФ-синтазы (NP_001093091.1). Белок - NP_001093091.1. ID гена: 100101165, координаты - [9033455-9036162], его последовательность.
Разные варианты BLAST
Так как мой организм относится к первичноротым, что из выданных на выбор семейств вторичноротых, я выбрала семейство Собачьих(Canidae).
База данных для поиска - refseq_genomes.
Рисунок 2. Графический результат поиска blastn. Всего было найдено 102 схожих с последовательностью белок-кодирующей части гена дельта-субъединицы АТФ синтетазы последовательности длины в районе 100-200 нуклеотидов. Есть также схожие области, выровненные в одной и той же последовательности базы данных, соединеные серой линией. Первые 7 находок имеют достаточно низкий e-value (1e-04, 4e-04). Выбранный таксон - Собачьи(Canidae). База данных - refseq_genomes, 7 сборок в таксоне. Длина слова - 11, остальные параметры без изменений.
Рисунок 3. Графический результат поиска tblastx (так как у меня изначально была нуклеотидная последовательность гена дельта-субъединицы АТФ-синтетазы). Всего было найдено 8 последовательностей, схожих с заданной частью гена. При данном методе выровненные последовательности длинне, чем при использовании blastn, но при этом более высокий E-value (самый низкий 0.001). Выбранный таксон - Собачьи(Canidae). База данных - refseq_genomes, 7 сборок в таксоне. Длина слова - 3, остальные параметры без изменений.
Нахождение генов основных рибосомальных РНК по далекому гомологу
Создание базы данных по последовательности генома тутового шелкопряда:
При поиске гомологов 16S рРНК с помощью blastn всего выдало 61 результат. Среди них 20 гомологов на скэффолде NC_085117.1 по трем участкам (см. рисунок 4-5)23S - 104 резуьтата. Среди них 21 гомолог на скэффолде NC_085117.1, содержащих пять участков (198-290, 428-528, 1899-1991, 2218-2290, 2442-2613), кроме того, есть по одному гомологу на сеффолдах NC_085115.1 и NC_085132.1.
Рисунок 4. Первый гомолог 16S рРНК.
Рисунок 5. Второй гомолог 16S рРНК.
Карты локального сходства
Для составления карт локального сходства были выбраны 2 вида из семейства Methanobrevibacter: Methanobrevibacter arboriphilus(ID: NZ_AP019779.1) и Methanobrevibacter intestini(ID: NZ_CP187956.1). Последовательности хромосом были получены с помощью поиска на NCBI Nucleotide:
("methanobrevibacter"[Organism]) AND "chromosome"[Title]
И далее выбранные из предложенных результатов.
Использовались програмсы blastn и megsblast. Попытка использования tblastx приводила к ошибке, что также повторялось с другими, отсеянными выборками пар.
Рисунок 6. Карта локального сходства хромосом Methanobrevibacter arboriphilus и Methanobrevibacter intestini, построенная с помощью blastn. На графике отчетливо видно шесть инверсий с транслокацией (400-500К, 850-1100К, 1250-1345К, 1660-1800К, 1900-2000К, 2070-2200К), так же транслокация на промежутке 1770-1900К и делеция/вставка на 1630-1700К.
Рисунок 7. Карта локального сходства хромосом Methanobrevibacter arboriphilus и Methanobrevibacter intestini, построенная с помощью megablast. Как видно, программа выравнивает только очень схожие последовательности, видя несколько инверсий с транслокациями.
