Сначала филогенетическая реконструкция проводилась с помощью программы fastme двумя способами: оценивание эволюционных расстояний как p-distance, а после с помощью модели MtREV. Для этого были скачаны и выровнены с помщью программы muscle последовательности цитохромов В выбранных мною животных из предыдущего практикума и после конвертированны в формат phylip-relaxed с промощью скрипта на Python.
Укоренение дерева было по ветви мамонта (MAMPR), так как он является внешней группой относительно остальных выбранных животных. По итогам реконструирования и такого укоренения, дерево почти полностью совпадает с тем, что было построено по систематике выбранных животных. Единственное разлчиие заключается в расположении даурского суслика (SPEDA), которого определили в одну кладу с хищниками (Carnivora), несмотря на то, что в действительности он относится к грызунам (Rodentia), которые расходятся на уровне надотрядов.
Модель MtREV отличается от p-distance тем, что специализируется на аминокислотных заменах, так как создана для митохондриальных белков млекопитающих. Основное отличие работы двух моделей видны на длинах ветвей, а также, отлично от p-distance изменилось расположение лемура (LEMCA) и крысы (RAT), теперь они не в одной кладе, хотя в реальной систематике приматы и грызуны относятся к одному надотряду Euarchontoglires, который различен с надотрядом Laurasiatheria, к которому относятся хищники и парнокопытные.
Далее было построено филогенетическое дерево с помощью программы IQ-Tree, используя команду с параметрами по умолчанию.
Укоренение проводилось по ветви мамонта (MAMPR) (во внешнюю группу). Результатт силно отличается от остальных деревьев. Верно определена клада парнокопытных, содержащая в себе кита (ESCRO), мокрсую свинью (NEOPH), нарвала (MONMO), быка (BOSJA) и козел (CAPNU). Также в одну кладу верно определились крыса (RAT) и суслик (SPEDA). Проблемы с хищными (Carnivora), к которым должны относится тигр (PANTI), тюлень (PAGGO) и соболь (MARME). А также имеется путанница с надотрядами - хищные и парнокопытые относятк одному надотряду Laurasiatheria, а грызуны (Rodentia, включает в себя крысу (RAT), суслика (SPEDA) и лемура (LEMCA)) относятся к другому надотряду - Euarchontoglires. Этого разделения на дереве не видно.