Сначала были найдены AC митохондриальных геномов выбранных животных, а после были вырезанны участки 12S rRNA. В процессе были заменены несколько животных из-за отсуствия полного митохондриального генома или проблем в процессе реконструирования. Точнее - нарвал (MONMO) был заменен на кита сейвала (BALBO, Balaenoptera borealis). Последовательности были выровнены с помощью программы muscle, а дерево построено с помощью команды IQ-Tree
Я использовала программу IQ-Tree для реконструкции, так как fastmе не совсем верно определял клады. Укоренение проводилось по ветве мамонта (MAMPR).
Исходя из самого первого филогенетического дерева, построенного по систематике, внешней группой считается мамонт (MAMPR), так как относятся к магнотряду Afrotheria, все остальные животные к Boreoeutheria. Далее разделение на два надотярда: Laurasiatheria, к которым относятся парнокопытные (кит (ESCRO), морская свинья (NEOPH), кит (BALBO), козел (CAPNU) и бык (BOSJA)) и хищные (Carnivora, тигр (PANTI), тюлень (PAGGO)) и рукокрылые (Chiroptera, летучая мышь (RHIBL)), и надотряд Euarchontoglires, которому относятся приматы (лемур (LEMCA)) и грызуны (Rodentia, крыса (RAT), суслик (SPEDA)).
Разделение по кладам все равно остается не совсем верным, относительно систематики - почему-то программа отделила кладу NEOPH и RHIBL, хотя морская свинья (NEOPH) должна быть в одной кладе с китами. Программа определелила верно хищных (Carnivora) и парнокопытными (Artiodactyla) - это клады с тигром (PANTI), буйволм (BOSJA) и китами (BALBO и ESCRO). Кроме того, есть общее объединение хищных и парнокопытных с лемуром (LEMCA), крысой (RAT) и сусликом (SPEDA), несмотря на то, что последние три относятся к другому надотряду - Euarchontoglires. И программа не разделяет этих троих, не взирая на то, что лемур относится к отряду приматов (Primates), а крыса и суслик к грызунам (Rodentia).
Кроме того, длины ветвей морской свиньи (NEOPH) и летучей мыши (RHIBL) почти равны нулю, и если посмотреть на выравнивание, их последовательности действительно почти идентичны, за исключением последних четырех символов в конце последовательностей.
Для укоренения во внешнюю группу был выбран Thylacinus cynocephalus (THYCY), и укоренение шло на уровне подкласса Theria, включающие в себя два инфракласса - сумчатые (Metatheria) и плацентарные (Eutheria). Как раз выбранный сумчатый волк (вымер менее, чем век назад - в 1936 году), как раз относится к инфраклассу сумчатые, в отличии от всех остальных животных, относящихся к плацентарным. Строилось дерево на основе цитохрома B, выравнивание также с помощью muscle, реконструкцию с помощью fastme и моделью p-distances - в прошлом практикуме на ее основе дерево было наиболее близко к тому, что было построено на основе систематики.
Дерево реконструировано почти идеально, за исключением того, что суслик (SPEDA) улетел в одну кладу к хищным (Carnivora), хотя его место вместе с крысой, в грызунах (Rodentia). В остальном все совпадет с реконструированием по систематике. Сумчатый волк (THYCY) также находится на нужной позиции, разделяя себя, сумчатых, от плацентарных.
Укоренялось дерево так же по ветке мамонта (MAMPR), во внешнюю группу. Не смотря на то, что использовалась ровно та же последовательность, что и в первом пункте, но реконструировалась с помощью fastme - дерево слабо совпадает с тем, что было построено на основе систематики. Достаточное количество животных объеденены в неправильные клады. Парнокопытные разделены более-менее верно, но к ним же программа отнесла грызунов и хищника тюленя (PAGGO). При этом ветви китообразных (BALBO и ESCRO) имеют бутстреп 100, так же и ветвь CAPNU и BOSJA, совпадающая с систематикой, тоже имеет бутстреп 100, и соединены они верно. Ветвь же разделяющая суслика от крысы имеет бутстреп всего 27, а ветвь, объединяющая парнокопытных и грызунов, имеет бутстреп всего 15. Можно было бы подтвердить, что неправильно реконструированные ветви имеют более низкую поддержку, но ветвь, объединящая летучую мышь (RHIBL) и морсую свинью (NEOPH), тоже имеют бутстреп 100.