Писала мини-обзор про бактерию Mucilaginibacter robiniae. Поиск белка осуществлялся с помощью расширенного поиска и запроса (organism_id:2728022), дополнительные условия не добавляла. Всего нашлось 4,219 белков. Для дальнейшей работы выбрала белок из первых позиций, участвующий в биосинтезе и имеющий 99+ цитирований и высокую оценку аннотации (4/5).
Название рассматриваемого белка - белок биосинтеза рибофлавина RibBA. Включает в себя 3,4-дигидрокси-2-бутанон-4-фосфатсинтазу и циклогидролазу-2 GTP. Был получен из штамма F39-2 бактерии вида Mucilaginibacter robiniae. Катализирует превращение D-рибулозо-5-фосфата в формиат и 3,4-дигидрокси-2-бутанол-4-фосфат, а так же превращение GTP в 2,5-диамино-6-рибозоламино-4(3H)-пиримидинона 5'-фосфат (DARP), формиат и пирофосфат. Имеет кофактор Mg(2+), Mn(2+) и Zn(2+).
Анализ размеров кластеров (огромный размер кластера UniRef50 и кластеры UniRef100 и UniRef90, содержащие по 1 белку) позволяет сделать вывод, что данный белок достаточно широко распространен среди организмов, но сама последовательность неконсервтативна.
Сперва мне было интересно, есть ли 3D структура у этого белка и у каких организмов, исключая мою бактерию. Использовала для поиска (protein_name:"Riboflavin biosynthesis protein RibBA") AND (structure_3d:true) NOT (organism_id:2728022). Выдало 2 результата: из Mycobacterium tuberculosis и из Streptococcus pneumoniae serotype 4.
Mucilaginibacter играют важную роль в расщеплении полисахаридов, каталитическими аминокислотами были идентифицированы остатки аспарата и глутамата. Интересно было увидеть, найдены ли подобные белки у моего вида бактерии. Поисковый запрос на глутамат (organism_id:2728022) AND (cc_catalytic_activity:"CHEBI:26908") выдал 1 результат - тетрагидрофолатсинтаза. Запрос ан аппарат (organism_id:2728022) AND (cc_catalytic_activity:"CHEBI:15859") тоже выдал 1 результат - аспартаткарбамоилтрансфераза.
Кроме того, захотелось узнать, насколько распространен данный белок среди наиболее крупных таксонов. Среди эукариот по запросу (protein_name:"Riboflavin biosynthesis protein RibBA") AND (taxonomy_id:2759) нашлось 62 результата. Среди эубактерий по запросу (protein_name:"Riboflavin biosynthesis protein RibBA") AND (taxonomy_id:2) — 14,681.