Для парных выравниваний были выбраны три пары белков с мнемониками 6PGD, FLIG и APPC. Было выполнено глобальное выравнивание с помощью команды needle.
| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6-phosphogluconate dehydrogenase, NADP(+)-dependent, decarboxylating | 6PGD_ECOLI | 6PGD_BACSU | 1718.0 | 70.0% | 83.4% | 3 | 3 |
| Flagellar motor switch protein FliG | FLIG_ECOLI | FLIG_BACSU | 490.0 | 31.9% | 56.4% | 15 | 5 |
| Oligopeptide transport system permease protein AppC | APPC_ECOLI | APPC_BACSU | 35.5 | 8.4% | 16.1% | 399 | 13 |
Также было выполнено локальное выравнивание с помощью команды water.
| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6-phosphogluconate dehydrogenase, NADP(+)-dependent, decarboxylating | 6PGD_ECOLI | 6PGD_BACSU | 1719.0 | 70.1% | 83.6% | 3 | 3 | 99.36% | 99.57% |
| Flagellar motor switch protein FliG | FLIG_ECOLI | FLIG_BACSU | 490.0 | 32.6% | 57.8% | 10 | 4 | 96.78% | 98.83% |
| Oligopeptide transport system permease protein AppC | APPC_ECOLI | APPC_BACSU | 54.5 | 19.0% | 33.5% | 89 | 12 | 34.38% | 39.14% |
По итогам глобального и локального выравнивания можно сказать, что 6-фосфоглюконатдегидрогеназа и белок FliG гомологичны у штаммов K12 и 168 по всей длине (70% и 35% идентичности соотвественно), а белок AppC- нет (меньше 20% идентичности). При этом у AppC нет и гомологичных участков (всё так же меньше 20% идентичности). В случае данных двух первых белков локальное выравнивание будет несильно информативно, так как проценты идентичности схожи, а из идентичности по всей цепи следует идентичность по участкам. В случае AppC локальное выравнивание чуть информативнее, процент идентичности вырос, но гомологии нет.
| Type | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Global | PTHB_ECOLI | COMGB_BACSU | 11.5 | 8.5% | 14.6% | 344 | 12 | - | - |
| Local | PTHB_ECOLI | COMGB_BACSU | 32.5 | 37.5% | 45.8% | 6 | 1 | 5.29% | 4.38% |
Случайным образом мною были выбраны две мнемоники - PTHB (PTS system glucitol/sorbitol-specific EIIB component) и COMGB (ComG operon protein 2). Результаты выравниваний представлены в таблице. Как и предполагалось, белки не гомологичны. Локальное выравнивание нашло небольшой участок с более высокой процентной идентичностью, но его размер незначительный и, возможно, был выбран случайно (PTHB_ECOLI 49-72, COMGB_BACSU 229-246).
Для множественного выравнивания была выбрана мнемоника 6PGD (6-phosphogluconate dehydrogenase, NADP(+)-dependent, decarboxylating). Всего по поисковому запросу 6PGD AND (reviewed:true) нашлось 1222 белка. Для выравнивания были выбраны следующие 5 белков, помимо 6PGD_ECOLI 6PGD_BACSU: 6PGD_HALVD, 6PGD_TRYBB, 6PGD_CITKO, 6PGD_DICDI и 6PGD_CERCA. Выравнивание выполнила с помощью команды muscle -align 6pgd.fasta -output 6pgd_alig.fasta, перед этим был создан текстовый файл с ID семи белков. После полученный после выравнивания файл был загружен в Jalview.Ссылка на проект в Jalview. По итогу выравнивания нельзя сказать, что все семь белков гомологичны. Есть нечастые гомологичные участки 10-20, 80-110, 133-150, 185-203, 462-473.