Анализ семейств из Pfam.
Семейство Equine herpesvirus glycoprotein gp2
PF-номер PF05955
ID Herpes_gp2
Seed 5
Full 4
Architectures 1
Species/Proteomes 4
Белок является вирусом, вызывающий ринопневмонит среди лошадей.Последствиями зарадения могут быть аборт,лизисто-гнойные выделения из носа, анорексия [1].
3D структура белка состоит из 1 полимерной цепи и представлена 11 бета-листами 8 альфа-спиралями (рис.1).
Белок содержит только 1 лиганд-глицерол(рис.2).
Вирус герпеса лошадей 4-го типа (EHV-4) относится к герепесвирусам, которых в настоящее время известно 9. Шесть относятся к подсемейству Alphaherpesvirinae (EHV-1, 3, 4, 6, 8, и 9), а три принадлежат к Gammaherpesvirinae (EHV-2, 5 и 7)[2]. EHV-1 и EHV-4, важные патогены среди других герпесвирусов лошадей, принадлежат к роду ветряных осповирусов. Оба вируса тесно связаны генетически и антигенно со значительной перекрестной реактивностью(при заражении одним вирусом появляется иммунитет и к другому) [3]. А положительный результат серологического исследования на данное заболевание составляет более 80% среди лошадей, ослов и мулов в различных географических точках [1].
Выравнивание seed с точки зрения гомологичности
Покраска Clustal Above Identity Treshold показала, что для всех 5 последовательностей есть лишь два максимально достоверных блока (рис.3),(рис.4). Первый пердставлен изолейцином,треонином и цитозином и соотвествует столбцам 72-74. Второй блок соотетсвует столбцам 99-101 и состоит из изолейцина,пролина и цитозина. Достоверные блоки с идентичностью 80% : 21-25,28-39,46-58,95-148.
На участке 40-44 нет достоверных блоков, так как 4 из 5 последовательностей содержат гэпы в этом месте.А так же с большой вероятностью его нет на участке 170-174, где 2 из 5 последовательности имеют гэпы. Выравнивание содержит достаточное количество блоков с высокой консервативностью, но коротких. Наибольшее количество гэпов имеет пятая последовательность (GP2_EHV1D/62-262). Можно предположить, что гомология последовательностей прослеживается на протяжении всей длины выравнивания за исключением двух недостоверных блоков.Сравнение разных архитектур.
Из UniProt были скачены последовательности 31 белка, содержащих одинаковые домены.Но все они содеражли только одну архитетуру [3]. Вторая же архитектура домена обнаруживается только у белка Herpes_glycop_D (L8B1X3).
Список литературы:
1.Pavulraj, S.; Eschke, K.; Theisen, J.; Westhoff, S.; Reimers, G.; Andreotti, S.; Osterrieder, N.; Azab, W. Equine Herpesvirus Type 4 (EHV-4) Outbreak in Germany: Virological, Serological, and Molecular Investigations. Pathogens 2021, 10, 810. https://doi.org/10.3390/pathogens10070810
2.Patel, J.R.; Heldens, J. Equine herpesviruses 1 (EHV-1) and 4 (EHV-4)--epidemiology, disease and immunoprophylaxis: A brief review. Vet. J. 2005, 170, 14–23.
3.Ссылка на выравнивание для исследования архитектуры ссылка.