A- и В- формы ДНК. Структура РНК

Задание 1.

С помощью программы fiber пакета 3DNA построение A-, B- и Z-формы дуплекса ДНК с последовательностью "GATC". Для лучшей визуализации можно использовать команду "set cartoon_ring_mode, 1" в терминале Pymol.

Рис. 1. А-форма ДНК.
Рис. 2. В-форма ДНК.

Рис. 3. А-форма ДНК в другой проекции.
Рис. 4. Z-форма ДНК.

Ссылка на А-форму в формате pdb.

Ссылка на B-форму в формате pdb.

Ссылка на Z-форму в формате pdb.

Задание 2.

Определение малой и большой борозки в самостоятельно сгенерированной Z-форме ДНК и в эксперементальной структуре 1TNE.pdb

Рис. 4. Левая структура-самостоятельно сгенерированная Z-форма; правая- TNE.pdb.

Для анализа направленности атомов цитозина я выбрала C5' A молекулы 1TNE.pdb.

  1. В сторону большой бороздки обращены атомы (обозначены на рис.6 красным) [DC]5:С4,N4,C5,C6,H41,H42.
  2. В сторону малой бороздки обращены атомы (обозначены на рис.6 синим) [DC]5:N3,C2,N1,O2,H1.
Рис. 5. Цитозин-5 в 1TNE.
Рис. 6. Положение атомов цитозина по отношению к бороздкам.
Табл. 1. Информация о сгенерированных структурах ДНК разных форм.
Форма ДНК Тип спирали Шаг спирали (Å) Число оснований на виток Ширина большой бороздки (Å) Ширина малой бороздки (Å)
А Правая 30.5 11 17.0(A/DA'10/P-B/DA'34/P) 8.0(A/DT'11/P-B/DC'24/P)
B Правая 33,0 10 17.9(A/DG'5/P-B/DC'32/P) 11.7(A/DG'9/P-B/DC'36/P)
Z Левая 40.4 12 9.9(A/DC'6/P-B/DG'19/P) 11.6(A/DC'10/P-B/DG'13/P)

Задание 3.

Упражнение 2.

Заданная мне tRNA-1h4s из организма Thermus thermophilus.

Стебли вторичной структуры: (4-7,69-66), (49-53,65-61), (38-44, 32-26), (10-13,25-22).

Неканонические пары оснований: G49-U65, P55-G18, , A44-G26, G15-C48, A14-U8.

Дополнительные водородные связи: P55-G18, T54-G58, A14-U8, G15-C48, G19-C56.

Пары отмеченные + в выдаче программы образуют "изолированные" пары, находящиеся на удалении от стеблей это: P55-G18,G15-C48.

Пары, образующие выпячивание тРНК: T54-G58, A14-U8,G19-C56.