Protein Data Base

Описание Putative succinylglutamate desuccinylase/aspartoacylase

Структура в целом

Succinylglutamate desuccinylase/aspartoacylase (сукцинилглутаматдесукцинилаза/аспартоацилаза) относится к гидролазам - ферментам, катализирующим гидролиз ковалентной связи. В частности, 3LWU катализирует химическую реакцию:

N-сукцинил-L-глутамат + H2O ⇄ сукцинат + L-глутамат.

Таким образом, продуктами этого фермента являются сукцинат и L-глутамат, а субстратами выступают N-сукцинил-L-глутамат и H2O.

Фермент состоит из одной субъединицы A, состоящей из собственно полимерной цепи, лиганда и двух ионов: цинк и сера. 3LWU является гомотетрамером (рис.1).

В биологическую единицу входит 4 идентичных полимерных цепи (рис2.). Вторичная структура каждой цепи представлена 9 альфа-спиралями и 17 бета-листами.(рис.3)

Отдельные цепи

Данный фермент был обнаружен в бактерии Shewanella frigidimarina — морская протеобактерия, которая обладает высокой способностью к дыханию, также является психротрофным и галотолерантным организмом. Для исследований фермент синтезировали в штамме Escherichia coli.

UniProt:
uniprot_id: Q088B8
Название: Succinylglutamate desuccinylase/aspartoacylase
Функция: Металлкарбоксипептаза,расщепляющая эфиры аминокислот с карбоновыми кислотами или отщепляющая аминокислоты от C конца полипептида.

Цепь не содержит мутаций относительно референса из базы Uniprot

Модифицированные аминокислотные остатки представлены 69 модификаций метеонина в селенометеонин (MSE)

Ссылка на соответствующие строки в файле pdb

Малые молекулы

В записи структуры присутствуют три типа малых молекул - SO4^2-, Zn²⁺ и вода.
MSE: selenomethionine
Zn²⁺: Zn-ion
SO4:Sulfate ion

Ссылка на соответствующие строки в файле pdb(Сульфат)

Ссылка на соответствующие строки в файле pdb(Ион цинка)

Ссылка на соответствующие строки в файле pdb(Вода)

Белковое окружение сульфат иона

SO4 связан с гистидином-295 и водой (Рис.5,Рис.6)