Выравнивание последовательностей
Глобальное парное выравнивание гомологичных белков
| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 30S ribosomal protein S6 | RS6_ECOLI | RS6_BACSU | 154 | 20.6% | 39.7% | 42 | 3 |
| Aminodeoxychorismate synthase component 2 | PABA_ECOLI | PABA_BACSU | 640 | 58.2% | 77.8% | 7 | 1 |
| S-ribosylhomocysteine lyase | LUXS_ECOLI | LUXS_BACSU | 273 | 35.1% | 52.9% | 20 | 5 |
Локальное парное выравнивание гомологичных белков
| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 30S ribosomal protein S6 | RS6_ECOLI | RS6_BACSU | 154 | 34.4% | 57.6% | 1 | 1 | 67.4% | 96.8% |
| Aminodeoxychorismate synthase component 2 | PABA_ECOLI | PABA_BACSU | 641 | 61.1% | 81.6% | 0 | 0 | 98.9% | 95.4% |
| S-ribosylhomocysteine lyase | LUXS_ECOLI | LUXS_BACSU | 280 | 37.5% | 55.6% | 9 | 3 | 93.0% | 96.8% |
Результат применения программ выравнивания к неродственным белкам
Глобальное выравнивание
| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Flagellum-specific ATP synthase/HTH-type transcriptional regulator SinR | FLII_ECOLI | SINR_BACSU | 36.5 | 5.8% | 9.7% | 364 | 7 |
Результат выравнивания неродственных белков у двух разных видов бактерий показывает, что схожесть последовательностей менее 10%, что дает большую вероятность их независимого происхождения.
Локальное выравнивание
| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 30S ribosomal protein S6 | FLII_ECOLI | SINR_BACSU | 42.5 | 24.0% | 37.0% | 26 | 5 | 19.9% | 74.8% |
Множественное выравнивание белков и импорт в Jalview
По результам поиска в базе данных Swiss-Prot для мнемоники LUXS_* (рекомендованное полное имя-S-ribosylhomocysteine lyase) было обнаружено 302 результата. Для последующего выравнивания были выбраны
- Белки:
- UXS_AERS4
- LUXS_NEIMF
- LUXS_GEOTN
- LUXS_EXIS2
- LUXS_BIFLD
Множественное выравнивание выполнено алгоритмом MUSCLE с последующим экспортированием данных в программу Jalview. После выравнивания абсолютно консервативными оказались 32 позиции (рис.1).
Рис. 1. Участки со 100% консервативностью.
Была обнаружена консенсусная последовательность и записана в формате Prositive: [MIL]-H-T-[LI]-E-H-[LT] (рис.2), для дальнейшего анализа на сайте MotifSearch [1].
Рис. 2. Общий мотив.
Одинаковая аннотация мотива была обнаружена в 213 объектах, соотвествующих белку S-ribosylhomocysteine lyase, также данный мотив был найден в белке одноклеточных дрожжей Schizosaccharomyces pombe Transcriptional repressor tup12. Поэтому можно предположить о гомологии данных белков. Первые 7 позиций каждой последовательности не являются конвервативными участками, а также столбцы 11, 16, 37, 74, 79-83, 105, 107, 122, 124, 126-128, 141, 154, 155, 159-164, 169, 174-180.
Ссылки