Гомологичное моделирование комплекса белка с лигандом

1. Выравнивание

Выравнивание лизоцима форели с известной структурой 1lmp с данным мне лизоцимом LYS_BPN15 из Enterobacteria phage N15 (Bacteriophage N15).

По-моему, белки не очень похожи, хоть оба и лизоцимы.
Выравнивание alig.pir

Модифицируем координаты 1lmp_now.ent

2. Водородные связи

в 1lmp

1. ('OD2:101:A', 'O6:130:A')
2. ('ND2:103:A', 'O7:130:A')
3. ('OH:62:A', 'O6:131:A')
или в варианте форматированных координат:
1. ('OD2:101:A', 'O6:130:A')
2. ('ND2:103:A', 'O7:130:A')
3. ('OH:62:A', 'O6:130:B')

в исследуемом белке LYS_BPN15

1. ('OD2:143:A', 'O6:179:A')
2. ('ND2:145:A', 'O7:179:A')
3. ('OH:85:A', 'O6:179:B')
скрипт
модель 1
модель 2
модель 3
модель 4
модель 5

3. Результаты

Спирали во всех моделях хорошо наложились друг на друга.

Модель	Ramachandran Z-score	Z-score for bond angles
1lmp	-0.325			1.752
seq1	-1.144			1.454
seq2	-1.255			1.490
seq3	-0.994			1.448
seq4	-1.397			1.552
seq5	-0.791			1.409

Лучшая модель - seq5.