1. Добавим водороды к обеим pdb файлам:
pdb2gmx -f camelid.pdb -o camelid_h.pdb -p
pdb2gmx -f amylase.pdb -o amylase_h.pdb -p -ignh
2. С помощью утилиты mark_sur проведём препроцессинг файлов pdb:
mark_sur camelid.pdb camelid_m.pdb
mark_sur amylase.pdb amylase_m.pdb
Команда сработала только для исходных pdb, где водороды не добалялись.
3. Запускаем сам процесс докинга:
zdock -R amylase_m.pdb -L camelid_m.pdb
4. zrank zdock.out 1 2000