Молекула становится похожа на лягушачьи икринки, и если потянуть за 1 атом, то все начнет двигаться и перестраиваться. Таким образом, программа позволяет менять форму объекту, причем постороение новой происходит при учитывании отталкиваний, притягиваний, связей и прочих факторов.
Лиганд связывается с белком на его поверхности, в канаве. |
Рассмотрим детальнее водородные связи лиганда с белком. |
Чтобы лиганд перестал связываться с белком, можно, например, изменить форму канавы так, чтобы лиганд
не влез в образующуюся ямку. |
|
При такой мутации лиганд теряет связь длиной в 2,4 ангстрема, место связывания изменяет
свою форму и вытесняет лиганд.
|
![]() |
Сложноэфирную связь можно создать, если присоединить СОО группу метки к аминокислоте с группой ОН.
Возьмем такой аминокислотой тирозин (Tyr).