Работа Pymol




1. Sculpting

Молекула становится похожа на лягушачьи икринки, и если потянуть за 1 атом, то все начнет двигаться и перестраиваться. Таким образом, программа позволяет менять форму объекту, причем постороение новой происходит при учитывании отталкиваний, притягиваний, связей и прочих факторов.

2. Внесение мутации

Лиганд связывается с белком на его поверхности, в канаве.

Рассмотрим детальнее водородные связи лиганда с белком.

Чтобы лиганд перестал связываться с белком, можно, например, изменить форму канавы так, чтобы лиганд не влез в образующуюся ямку.
Это можно сделать, заменив небольшую аминокислоту на крупную и объемную, при этом нарушив водородные связи между белком и лигандом.
Заменим в выделенной области Asp52 на Phe.

При такой мутации лиганд теряет связь длиной в 2,4 ангстрема, место связывания изменяет свою форму и вытесняет лиганд.

3. Анимация мутагенеза.

pse

youtube

4. Присоединение флуорусцентной метки TAMRA к белку через сложноэфирную связь.

Сложноэфирную связь можно создать, если присоединить СОО группу метки к аминокислоте с группой ОН.
Возьмем такой аминокислотой тирозин (Tyr).

5. Построение поли-аланиновой альфа спирали.

Cкрипт

6. Построение кубана.

smi

mol



© Alisa Garaeva