Вычисление валентных параметров для молекулярной механики

1. Зависимость энергии молекулы от длины одной связи С-С в этане

файл с расчетами

f(x)=a + k*x*x - 2*k*x*b + k*b*b

Коэффициенты:

Стартовые значения:
a=-80
k=1
b=1.5

Подгонка коэффициентов:
a = -79.7652 (+/- 0.0004522)
k = 0.563608 (+/- 0.02335)
b = 1.55432 (+/- 0.002455)

Причина неточного совпадения точек и функции, возможно в том, что подобранная нами функция для апроксимации несовсем правильная. Видимо функция должна иметь какой-то более сложный вид.

2. Зависимость энергии молекулы от величины валентного угла НСН в этане

файл с расчетами

f(x)=a + k*x*x - 2*k*x*b + k*b*b

Коэффициенты:

Стартовые значения:
a=-80
k=1
b=1.5

Подгонка коэффициентов:
a = -79.7647 (+/- 1.207e-08)
k = 3.56075e-05 (+/- 6.214e-09)
b = 111.38 (+/- 9.931e-05)

Сравнение с данными из статьи о GAFF. Возможные причины расхождений результатов и публикаций.

1. Оптимизированные длины связей вычислялись другими методами, поэтому они несколько отличаются от полученных нами (длина С-С - 1.526).
2. Подгонка коэффициентов делалась не с помощью gnuplot, а в Parmscan.

2. Зависимость энергии молекулы от величины торсионного угла d3 в этане

файл с расчетами

На отрезке [-180; 180] функция имеет 3 минимума.